A través del Decreto 158 del 15 de diciembre de 1983, el gobierno de Raúl Alfonsín ordenó la realización de un juicio sumario a los integrantes de las Juntas Militares que estuvieron en el poder desde el 24 de marzo de 1976 hasta la guerra de Malvinas. Tras derogar la “Ley de autoamnistía” sancionada hacia el final de la dictadura, el 28 de diciembre de 1983 el gobierno comunicó al Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas que debía iniciar la instrucción y el juicio sumario de la que más tarde sería conocida como “Causa 13”.
Apoyándose en la ley 23.049/84 de reforma de del Código de Justicia Militar, y ante las demoras del Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas para juzgar a sus pares, el 4 de octubre de 1984 la Cámara Federal desplazó al tribunal castrense y por avocación continuó con la investigación.
No obstante a cargo de la justicia penal, el proceso judicial se realizó bajo los procedimientos del Código de Justicia Militar, que imponía el juicio sumario, oral y público. Por decisión de la Cámara Nacional de Apelaciones, el canal estatal de televisión, Argentina Televisora Color (ATC), registró íntegramente el desarrollo del juicio.
Entre el 22 de abril y el 14 de agosto de 1985 tuvieron lugar las audiencias orales del juicio en las que prestaron declaración testimonial 833 personas citadas por las defensas y por el Ministerio Público. Entre agosto y septiembre se dio lectura a la acusación presentada por la Fiscalía y entre los meses de octubre y noviembre tuvieron lugar los alegatos de las defensas de los ex comandantes. El 9 de diciembre de 1985, la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal dictó sentencia fundada en el análisis de 709 casos presentados. Jorge Rafael Videla y Emilio Eduardo Massera fueron condenados a reclusión perpetua; Roberto Eduardo Viola a 17 años de prisión; Armando Lambruschini a ocho años y Orlando Ramón Agosti a cuatro años y seis meses. Omar Domingo Rubens Graffigna, Basilio Arturo Lami Dozo, Leopoldo Fortunato Galtieri y Jorge Isaac Anaya fueron absueltos.
El fondo comprende la totalidad de las audiencias orales (530 horas) producidas en el marco del proceso judicial conocido como Juicio a las Juntas Militares, en el que se juzgó a los nueve miembros de las tres primeras Juntas Militares como responsables por las graves violaciones a los derechos humanos ocurridas en Argentina durante la dictadura cívico-militar durante los años 1976 y 1983. Como material complementario fueron digitalizadas las actas mecanografiadas del juicio.
Asimismo, contiene copia digital de los 185 cuerpos de la Causa13/84 caratulada 'causa originariamente instruida por el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas en cumplimiento del decreto 158/83 del Poder Ejecutivo Nacional'. Así como copia de las actas mecanografiadas de las manifestaciones vertidas por el Tribunal, las partes y testigos en el transcurso de la audiencia.
El fondo también reúne la documentación aportada como prueba por cada una de las partes. Se destacan los "cuadernos de la defensa" de Ramón Orlando Agosti, Leopoldo Fortunato Galtieri, Armando Lambruschini, Emilio Eduardo Massera, Jorge Rafael Videla y Roberto Eduardo Viola; así como las Directivas, Planes y Reglamentos de las tres Fuerzas Armadas. También hay copia de los expedientes del Consejo de Guerra Especial Estable. A su vez, pueden encontrarse la documentación traducida del idioma inglés aportada como cuaderno de prueba de la Fiscalía, documentación y reclamos gestionados a través de la Cancillería argentina vinculados a denuncias realizadas en el exterior y copia de la documentación aportada por los testigos.
Por su parte, pueden encontrarse copias de las denuncias vinculadas a desapariciones forzadas de personas recibidas por el Ministerio de Defensa durante el periodo de la dictadura, distintas denuncias de privación ilegítima de la libertad recibidas ante la justicia de las provincias de Entre Ríos, Mendoza y Santa Fe y copia de todos los habeas corpus presentados durante el juicio.

La colección está integrada, principalmente, por copias de documentación obrante en archivos de la Armada y contiene información sobre personal militar y civil de inteligencia que formó parte o estuvo vinculado a la Marina de Guerra: legajos de servicios, concepto y familia, fojas de servicios, nóminas y listados de integrantes, listas de pagos e información sobre conscriptos.

La colección BDIC-TYSAE fue creada por la Bibliothèque de Documentation Internationale Contemporaine (BDIC), y contiene documentación vinculada a los Trabajadores y Sindicalistas Argentinos en el Exilio (TYSAE) organización conformada por distintos grupos político-sindicales pertenecientes a las izquierdas y al peronismo clasista en el exilio, de tendencia internacionalista con sede en París, Francia, reunidos como consecuencia del terrorismo de Estado en Argentina y el exilio. Se conformó en agosto de 1978 y fue formalmente constituida en enero de 1979, como un organismo internacional de solidaridad y denuncia, con el objetivo central de “luchar en el plano de la agitación, la propaganda y la organización de los trabajadores y sindicalistas argentinos exiliados”. Entre sus propósitos se puede señalar: el apoyo a las luchas obreras y populares desarrolladas en la Argentina con la perspectiva del derrocamiento de la dictadura militar, la exigencia de la libertad de todos los presos políticos y sindicales, la aparición con vida de todos los desaparecidos, el levantamiento de la intervención sindical de la CGT, federaciones y sindicatos y  la reunificación y reorganización democrática de la CGT y de todo el movimiento obrero. Entre sus actividades e iniciativas se destaca la creación de un Boletín Informativo de las luchas obreras en la Argentina, el desarrollo de campañas de denuncia respecto presos políticos, facilitar el otorgamiento de visas, refugios a posible exiliados y actos y manifestaciones en los distintos países europeos.
La colección BDIC contiene documentación vinculada a las actividades de la TYSAE, cuenta con correspondencia de la organización con diversas entidades, listados de trabajadores y sindicalistas argentinos en el exilio, numerosas denuncias por casos de personas detenidas desaparecidas y documentación sobre la campaña por la libertad de Alberto Piccinini, un trabajador de la empresa Acindar (Industria Argentina de Aceros SRL) y dirigente sindical de la Unión Obrera Metalúrgica Villa Constitución (UOM V.C.), quien fue detenido en Villa Constitución por el operativo “Serpiente Roja del Paraná” en 1975 y liberado en 1981. También se incluyen publicaciones, coberturas de prensa y otros documentos organismos como Comisión Argentina de Derechos Humanos (CADHU), Comité de Solidaridad con el Pueblo Argentino (COSPA), Centro Argentino de Información y Solidaridad (CAIS), Comisión de Solidaridad con Familiares de Desaparecidos en Argentina (COSOFAM), Comité contra la Represión en Latinoamérica (CCRLA), Comité belge contre la répression en Argentine, Amnistía Internacional, Asamblea Permanente por los Derechos Humanos (APDH), Centro de Estudios Legales y Legales y Sociales (CELS), Familiares de Desaparecidos Y Detenidos por Razones Políticas, Partido Obrero, Partido Socialista de los Trabajadores, Movimiento al Socialismo (MAS), Liga Socialista Revolucionaria de Argentina, Orientación Socialista, Unión de Juventud por el Socialismo (UJS), Ejército Revolucionario del Pueblo (ERP), Frente Revolucionario 17 de octubre, Partido Obrero Revolucionario, Partido Revolucionario de los Trabajadores (PRT), Grupo Obrero Marxista, entre otros. Se incluyen también coberturas de prensa a las actividades de Madres de Plaza de Mayo y entrevistas a sus dirigentes entre 1984 y 1985 así como diversos contra la Organización del Mundial de Fútbol en Argentina en 1978 del Comité pour le Boycott de l'Organisation par l'Argentine de la Coupe du Monde de Football (COBA) y el Comité de Soutien aux Luttes du Peuple Argentin (CSLPA).

Según la Ley Orgánica de la Provincia de San Juan Nº 3612, de 1970, la estructura de la policía provincial de la provincia de San Juan se componía de cinco departamentos, el D2 correspondía a Informaciones Policiales. Esta estructura se replicaba a nivel de las Fuerzas Armadas y de otras policías provinciales (D1 Personal, D2 Informaciones/Inteligencia, D3 Operaciones, D4 Logística, D5 Judicial en el caso de San Juan, también podía ser Asuntos Civiles o Territoriales en otras provincias). Los representantes del Ministerio Público Fiscal que investigaron su funcionamiento consideraron que el D-2 "realizaba el trabajo de inteligencia, y también intervenía en lo operativo"; el D-3 "prestaba el apoyo operativo a las acciones del D-2"; el D-4 "acompañaba con la logística", y el D- 5 "manejaba la información judicial existente de todas las víctimas, no así la política, que la obtenía, seleccionaba y utilizaba el D-2". A partir de la Directiva del Consejo de Defensa 1/75 del 15 de octubre de 1975, las policías provinciales quedaban bajo control operacional de las Fuerzas Armadas. En el territorio de San Juan, la policía provincial quedaba bajo las órdenes del Regimiento de Infantería de Montaña Nº 22 del Ejército.
El fondo se compone de los documentos producidos por el Departamento 2 de la Plana Mayor de la Policía Provincial, en el cumplimiento de sus funciones. Se encuentra en proceso de identificación las series documentales que lo integran. Por lo tanto, por el momento, se puede constatar solamente la existencia de fichas e informes de antecedentes y recortes periodísticos vinculados al seguimiento de personas y actividades de universidades, partidos políticos, gremios, sindicatos, entidades religiosas, entre otros.
El fondo reúne los siguientes biblioratos, que contienen lo que se detalla a continuación:

• "Antecedentes de Personas (V25)": notas vinculadas a solicitudes y remisiones de antecedentes de personas, e informes de antecedentes. Se incluyen formularios con datos personales, educativos, laborales, ideológicos, gremiales, religiosos y /o judiciales.
• "Gremios": comunicaciones, notas, recortes de prensa, volantes, artículos periodísticos, listados de comisiones directivas de distintos sindicatos, listados de organizaciones gremiales, invitaciones, designaciones, notas de peticiones de permiso para asambleas.
• "Movimientos universitarios": recortes periodísticos de temas universitarios, certificados de alumno regular, ordenanzas internas, organigramas, listados de autoridades de universidades y folletos.
• "Partidos políticos": recortes de prensa, listado de autoridades de los partidos, informes de inteligencia, informes de actividades, declaraciones de figuras políticas, listados de Comisiones Directivas de los partidos, volantes, boletines, listas de candidatos y volantes de votaciones.
• "Subversión": partes de inteligencia semanales, recortes de prensa, nóminas de pasajeros, volantes, revistas, listados de automóviles que ingresan a la provincia.
• "Entidades religiosas": Recortes de prensa, notificaciones, publicaciones y peticiones de autorizaciones.
• "Residentes extranjeros": Recortes de prensa, solicitudes de informes de antecedentes, informes de antecedentes, cartas de ciudadanía, censos.
• "Medios de comunicación": Listado de periodistas acreditados por el Mundial 78, artículos, recortes periodísticos sobre canales de TV, repetidoras, notas vinculadas a la prohibición de libros, y programación de medios.
• "Personal de Informaciones policiales": Informes de novedades, memorandos, listados con nombres de personas
• "Alta. Promoción. Baja personal policial": partes informativos semanales y Órdenes del día.
• "Organismos de Derechos Humanos": recortes de prensa, informes de inteligencia, listados de personas desaparecidas en San Juan, volantes y folletos.
  Además, hay legajos policiales de detenidos a disposición del PEN, recortes de prensa sobre la Asocicación Amigos Sanjuaninos, memos e informes varios de los años 2002 a 2003.
  Por último, forma parte del fondo, un fichero donde figuran, ordenadas alfabéticamente, antecedentes de personas.

La colección se compone de documentos originales y copias del período 1974 a 1983 de libros de entrada de los siguientes cementerios: Cementerio de Villegas - La Matanza, Esteban Echeverría, Resistencia (Chaco), Villa Constitución (Santa Fe), Rincón de los Sauces (Neuquén), Comodoro Rivadavia (Chubut), Río Gallegos (Santa Cruz), General San Martín (Chaco), Río Grande (Tierra del Fuego), Formosa (Formosa), Morgue Judicial (Mendoza), San Antonio de Padua (Salta), Gualeguay (Entre Ríos), Rawson (Chubut), Gaimán (Chubut), San Nicolás (Buenos Aires), Zárate (Buenos Aires), San Pedro (Buenos Aires), Tres de Febrero (Buenos Aires), Mercedes (Buenos Aires), General San Martín (Buenos Aires), La Matanza Villegas (Buenos Aires), Campana (Buenos Aires), Vicente López (Buenos Aires), Marcos Paz (Buenos Aires), Ramallo (Buenos Aires), Moreno (Buenos Aires), Formosa, Pirané (Formosa), (Formosa), San Luis, Santa Cruz, Almirante Brown (Buenos Aires), Gral. San Martin (Buenos Aires), San Isidro (Buenos Aires), Morón (Buenos Aires), Vicente López (Buenos Aires), La Matanza (Buenos Aires), Quilmes (Buenos Aires), María Grande (Entre Ríos 1974 a 1983), Bovril (Entre Ríos), Herrera (Entre Ríos), Senillosa (Neuquén), El Dorado (Misiones), Gaiman (Chubut 1974 a 1983), Río Grande (Tierra del Fuego), Lamarque (Río Negro). Asimismo, copia de la Ordenanza Nº 3577 La Plata (Buenos Aires), listado de mujeres fallecidas del Cementerio de la Chacarita, Actas de inhumación de NN en cementerio de La Chacarita, Licencias y actas de inhumación de la Municipalidad de Florencio Varela (Buenos Aires), Libros de cementerios sin identificar de 09/06/1975 a 12/08/1982 (2 Tomos). A su vez, del Hospital "José María Gomendio de Ramallo": Libro de Guardia abril 1983, Libro de Partos enero 1973 a junio 1980, Libro de Partos 1980 a 1983. Hospital de Ramallo (Buenos Aires): Libro de Guardia (Abril 1983), Libro de Partos (1980-1983), Libro de Partos (Enero 1973- Junio 1980). Hospital de Villa Maria Grande-Paraná (Entre Ríos). Hospital Central de Formosa: registro de Guardia (Formosa). Más Corte Suprema de Justicia de la Nación. Libros Morgue Justicia Nacional. Mesa de Entradas y NN. 1974 -1983.
Asimismo la sección comprende toda las comunicaciones de solicitud y entrega de esta documentación, así como diversos informes y planillas de trabajo que permitieron recibir y sistematizar esta documentación.

La Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas (CONADEP) fue creada por el presidente Raúl Alfonsín a través del decreto Nº 187 del 15 de diciembre de 1983. Contra la propuesta esbozada por la mayoría de los organismos de derechos humanos, que reclamaban la creación de una Comisión bicameral para la investigación de los crímenes de la última dictadura (1976-1983), el titular del Poder Ejecutivo optó por una Comisión de “notables” compuesta por personalidades destacadas de la vida política, cultural y religiosa argentina, presidida por el escritor Ernesto Sábato. Sus otros integrantes fueron Magadalena Ruiz Guiñazú, Ricardo Colombres, René Favaloro –quien renunció poco después–, Hilario Fernández Long, Carlos Gattinoni, Gregorio Klimovsky, Marshall Meyer, Mons. Jaime F. de Nevares, Eduardo Rabossi, Santiago López, Hugo Piucill, Horacio Huarte, Graciela Fernández Meijide, Daniel Salvador, Raúl Aragón, Alberto Mansur y Leopoldo Silgueira.
El objetivo de la CONADEP, que inicialmente funcionaría por seis meses, era recibir denuncias y pruebas sobre los secuestros y desapariciones perpetrados durante la dictadura para remitirlas a la Justicia, investigar cuál había sido el destino de los desaparecidos y desaparecidas y determinar el paradero de los niños y niñas apropiados en el marco del terrorismo de Estado. Además, debía denunciar cualquier intento de las Fuerzas Armadas o las Fuerzas de Seguridad por destruir evidencia de los crímenes de la represión. Todos los datos recabados durante las labores investigativas serían recopilados en un informe final que se pondría en manos del presidente de la Nación. La entrega se efectivizó el 20 de septiembre de 1984, luego de extenderse por tres meses el plazo establecido originalmente para el funcionamiento de la CONADEP, en un acto que tuvo lugar en la casa de gobierno. Dos meses después, el informe fue publicado bajo el título Nunca más por la editorial universitaria EUDEBA, convirtiéndose en un éxito de ventas.
Las tareas de la Comisión se desarrollaron en un clima cargado de tensión por la reticencia de los integrantes de la Fuerzas Armadas y de las Fuerzas de Seguridad a que se llevara adelante una revisión de su actividad represiva durante los años de dictadura. A pesar de ello, y de las dificultades que planteaba la recopilación de información en las zonas alejadas de los grandes centros urbanos, la CONADEP logró registrar 8.960 casos de desaparición forzada y comprobar, a través de inspecciones oculares con sobrevivientes, la existencia de unos 340 centros clandestinos de detención, la mayoría ubicados en dependencias policiales y militares todavía en funcionamiento.
La información recopilada por la Comisión dejó en evidencia que, lejos de constituir “excesos” aislados, los secuestros, las torturas, las desapariciones y los asesinatos habían formado parte de un plan sistemático organizado desde las más altas jerarquías de las Fuerzas Armadas. Esta constatación fue clave para lograr la condena de los integrantes de las tres primeras Juntas Militares en el denominado Juicio a las Juntas, realizado entre abril y diciembre de 1985. La importante circulación pública del Nunca más, por otra parte, fue central para la conformación de una primera memoria pública sobre los crímenes de la dictadura argentina.
El subfondo CONADEP, perteneciente al Fondo Secretaría de Derechos Humanos de la Nación dado el traspaso de funciones a este organismo el cual continuó gestionando, interviniendo y modificando los documentos, se compone de distinto tipo de documentación que refleja la actividad realizada por la Comisión en el marco de sus labores investigativas. Incluye, en primer lugar, los legajos constituidos a partir de formularios que recogían las denuncias de familiares, sobrevivientes o testigos ocasionales de acciones represivas. Estos formularios incorporaban información diversa como ser el nombre y apellido de la víctima, su fecha de nacimiento, documento de identidad, profesión o trabajo, lugar de estudio o trabajo, domicilio, estado civil, número de hijos y edad; fecha, hora y lugar del secuestro, descripción del hecho, mención a testigos si los hubiese y de los posibles responsables; las gestiones realizadas por los familiares y allegados de las víctimas, las respuestas obtenidas ante esos requerimientos y los datos del denunciante. Este subfondo reúne además, más de dos mil fotografías tomadas por el fotógrafo Enrique Shore durante las inspecciones oculares en los centros clandestinos de detención (CCD) así como las actas elaboradas a partir de esas inspecciones junto a un vasto relevamiento documental hecho por la Comisión sobre los CCD. Por otra parte, el fondo contiene también las actas de las reuniones que realizó la CONADEP en el transcurso de su investigación así como las del Comité Ejecutivo, instituido el 29 de diciembre de 1983 dada la necesidad de funcionar ejecutivamente con un grupo más reducido de sus miembros. La correspondencia nacional e internacional de la Comisión también forma parte de este subfondo dando cuenta de los intercambios con organismos estatales y de la sociedad civil tanto de Argentina como de otros países.
Asimismo, se encuentran las elevaciones de denuncias a la Justicia, unos 25.000 habeas corpus que fueron elevados al Poder Judicial para determinar el paradero de personas desaparecidas entre 1975 y 1983, las respuestas de hospitales de salud mental y cementerios con listados de pacientes de hospitales y de entierros sucedidos en los cementerios entre 1976 y 1983. Hay además numerosos relevameintos documentales de dos organismos internacionales que elaboró diferentes listados e investigaciones sobre casos de violaciones a los derechos humanos por parte de la dictadura cívico militar. Tanto la Organización de las Naciones Unidas (ONU) como la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) de la Organización de los Estados Americanos (OEA) reopiló y transfirió la documentación vinculada a estos hechos y, en el caso de la CIDH, aquellos informes de las observaciones in-loco que realizara en 1979, en plena dictadura, y que permitieran dar apoyo internacional a las denuncias que venían realizando los organismos de derechos humanos en el país.
Desde su creación y hasta el presente, el fondo de la CONADEP desarrolla un rol central en el proceso de Memoria, Verdad y Justicia, ya sea como evidencia en los juicios por los crímenes de lesa humanidad, como fuente de consulta para los ascensos de personal de las Fuerzas Armadas y las Fuerzas de Seguridad, como insumo para producciones de distinta índole orientadas a la transmisión de la memoria de los crímenes dictatoriales y para la investigación científica sobre el pasado reciente argentino.

La colección perteneciente a María Antonieta Alessandro consiste en un documento producido por Abuelas de Plaza de Mayo con el objetivo de coadyuvar en las búsquedas de nietos y nietas desaparecidos y apropiados durante la última dictadura cívico-militar en la Argentina. Se trata de un informe mayormente mecanografiado titulado "Niños desaparecidos en la República Argentina desde 1976" que contiene una lista de niños desaparecidos, solicitadas publicadas, testimonios sobre niños desaparecidos, testimonios sobre bebés que nacieron en cautiverio, trámites realizados y algunos ejemplos de casos de niños desaparecidos y localizados. En muchas de las fichas con información personal de los niños, niñas y sus familias, se incluyeron fotografías originales en soporte papel y, en otros casos, fotocopias de fotos.
Este documento forma parte de una serie de documentos similares, llamados por la institución productora "Carpetas madre", las cuales constituyen el primer registro sistematizado de Abuelas de Plaza de Mayo sobre niños y niñas desaparecidas o mujeres secuestradas embarazadas basado en las denuncias y los testimonios de los familiares. Si bien se desconoce la fecha exacta de la elaboración de este documento, por relatos de las protagonistas, estas carpetas se comenzaron a confeccionar en la década de 1980 con la finalidad de centralizar y organizar las informaciones que durante la década de 1970 las Abuelas habían ido recopilando informalmente, pero también con el objetivo de poder formalizar procesos de búsqueda.

El fondo, que es una parcialidad del mismo, reúne documentación de y sobre Patrick Rice organizada por su esposa Fátima y sus hijos. Patrick Rice fue un sacerdote irlandés, que se radicó en Argentina en la década de 1970, y fue además activista y defensor de los derechos humanos. En 1976 fue secuestrado y desaparecido junto a su esposa y, tras las presiones del gobierno irlandés, ambos fueron liberados exiliándose a Londres hasta 1984, año en que regresan a Argentina.
Dentro de los documentos que componen este fondo hay documentación personal de Patrick Rick. En este sentido destaca la correspondencia recibida y enviada por miembros de la familia Rice que, en su mayoría son cartas escritas por Patrick, dirigidas a sus madre, padre y sus seres queridos en Irlanda, aunque también hay con un conjunto de cartas dirigidas a Patrick así como otras dirigidas a otros miembros de la familia. En estas misivas se abordan temáticas son de índole personal y familiar con información sobre sus viajes y algunas cartas responden a su tarea como sacerdote. También se encuentran documentos vinculados a los Pequeños Hermanos del Evangelio de la Fraternidad Carlos De Foucaud, organización a la que ingresó en 1972.
Otra correspondencia que forma parte del fondo refiere a la actividad de Patrick Rice de denuncia de las graves violaciones a los derechos humanos ocurridas durante las décadas de 1970 y 1980 en Latinoamérica. Asimismo forma parte de este fondo una profusa cantidad y variedad de reflexiones, escritos y poemas, manuscritos y mecanografiados, escritos por Patrick Rice. Las temáticas abordadas se encuentran vinculadas a su detención ilegal en Argentina en 1976, sus vivencias en Latinoamérica relacionadas a las graves violaciones a los derechos humanos en la región, su vida interior y religiosidad, la situación político-social de países latinoamericanos, la creación de un Centro Interreligioso en el Espacio Memoria y Derechos Humanos Ex ESMA, sobre viajes a Estados Unidos y reuniones con el Grupo de Trabajo sobre Desapariciones Forzadas o Involuntarias de la Organización de las Naciones Unidas (ONU) y ponencias brindadas en conferencias.
También forman parte de este fondo algunos documentos relacionados al funcionamiento de la Federación Latinoamericana de Asociaciones de Familiares de Detenidos-Desaparecidos (FEDEFAM) de la cual Patrick Rice fue fundador y secretario general. Finalmente el fondo cuenta con artículos y publicaciones sobre violaciones a los derechos humanos así como folletos y volantes sobre el terrorismo de Estado en Argentina.