A través del Decreto 158 del 15 de diciembre de 1983, el gobierno de Raúl Alfonsín ordenó la realización de un juicio sumario a los integrantes de las Juntas Militares que estuvieron en el poder desde el 24 de marzo de 1976 hasta la guerra de Malvinas. Tras derogar la “Ley de autoamnistía” sancionada hacia el final de la dictadura, el 28 de diciembre de 1983 el gobierno comunicó al Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas que debía iniciar la instrucción y el juicio sumario de la que más tarde sería conocida como “Causa 13”.
Apoyándose en la ley 23.049/84 de reforma de del Código de Justicia Militar, y ante las demoras del Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas para juzgar a sus pares, el 4 de octubre de 1984 la Cámara Federal desplazó al tribunal castrense y por avocación continuó con la investigación.
No obstante a cargo de la justicia penal, el proceso judicial se realizó bajo los procedimientos del Código de Justicia Militar, que imponía el juicio sumario, oral y público. Por decisión de la Cámara Nacional de Apelaciones, el canal estatal de televisión, Argentina Televisora Color (ATC), registró íntegramente el desarrollo del juicio.
Entre el 22 de abril y el 14 de agosto de 1985 tuvieron lugar las audiencias orales del juicio en las que prestaron declaración testimonial 833 personas citadas por las defensas y por el Ministerio Público. Entre agosto y septiembre se dio lectura a la acusación presentada por la Fiscalía y entre los meses de octubre y noviembre tuvieron lugar los alegatos de las defensas de los ex comandantes. El 9 de diciembre de 1985, la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal dictó sentencia fundada en el análisis de 709 casos presentados. Jorge Rafael Videla y Emilio Eduardo Massera fueron condenados a reclusión perpetua; Roberto Eduardo Viola a 17 años de prisión; Armando Lambruschini a ocho años y Orlando Ramón Agosti a cuatro años y seis meses. Omar Domingo Rubens Graffigna, Basilio Arturo Lami Dozo, Leopoldo Fortunato Galtieri y Jorge Isaac Anaya fueron absueltos.
El fondo comprende la totalidad de las audiencias orales (530 horas) producidas en el marco del proceso judicial conocido como Juicio a las Juntas Militares, en el que se juzgó a los nueve miembros de las tres primeras Juntas Militares como responsables por las graves violaciones a los derechos humanos ocurridas en Argentina durante la dictadura cívico-militar durante los años 1976 y 1983. Como material complementario fueron digitalizadas las actas mecanografiadas del juicio.
Asimismo, contiene copia digital de los 185 cuerpos de la Causa13/84 caratulada 'causa originariamente instruida por el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas en cumplimiento del decreto 158/83 del Poder Ejecutivo Nacional'. Así como copia de las actas mecanografiadas de las manifestaciones vertidas por el Tribunal, las partes y testigos en el transcurso de la audiencia.
El fondo también reúne la documentación aportada como prueba por cada una de las partes. Se destacan los "cuadernos de la defensa" de Ramón Orlando Agosti, Leopoldo Fortunato Galtieri, Armando Lambruschini, Emilio Eduardo Massera, Jorge Rafael Videla y Roberto Eduardo Viola; así como las Directivas, Planes y Reglamentos de las tres Fuerzas Armadas. También hay copia de los expedientes del Consejo de Guerra Especial Estable. A su vez, pueden encontrarse la documentación traducida del idioma inglés aportada como cuaderno de prueba de la Fiscalía, documentación y reclamos gestionados a través de la Cancillería argentina vinculados a denuncias realizadas en el exterior y copia de la documentación aportada por los testigos.
Por su parte, pueden encontrarse copias de las denuncias vinculadas a desapariciones forzadas de personas recibidas por el Ministerio de Defensa durante el periodo de la dictadura, distintas denuncias de privación ilegítima de la libertad recibidas ante la justicia de las provincias de Entre Ríos, Mendoza y Santa Fe y copia de todos los habeas corpus presentados durante el juicio.

Este fondo reúne la documentación generada y recibida por el Ente Autárquico Mundial 78 (EAM 78) con el objeto de organizar y llevar adelante el Campeonato Mundial de Fútbol de ese año. La decisión de que la Argentina fuera la sede del evento había sido tomada ya previo al golpe de Estado del 24 marzo de 1976. Sin embargo, la Junta Militar le otorgó especial atención a la realización del Mundial, ya que consideraba que se trataba de una oportunidad privilegiada para mostrar una buena imagen del país a la comunidad extranjera, procurando evadir así las denuncias que circulaban en el extranjero contra la dictadura por violaciones a los derechos humanos.
Para su organización, el régimen militar creó, mediante la Ley N° 21.349 del 2 de julio de 1976, el EAM 78, que reemplazaba a la Comisión de Apoyo al Mundial dependiente del Ministerio de Bienestar Social. La entidad estuvo presidida inicialmente por el general Omar Actis. Luego de su asesinato, ocurrido el 19 de agosto de 1976, el cargo fue ocupado por el general (R) Antonio Merlo, aunque la mayoría de las decisiones en materia organizativa las tomó el contraalmirante Carlos Lacoste, quien había sido designado vicepresidente del organismo. Además de crear el EAM 78, la Junta Militar contrató a la empresa norteamericana Burson-Marsteller y Asociados, especializada en la mejora de la imagen de gobiernos, para que tuviera a cargo la publicidad del Mundial y demostrara que las denuncias contra la dictadura eran parte de una “campaña antiargentina” organizada desde el extranjero. A esto se destinó parte de los aproximadamente 500 millones de dólares que se gastaron para la realización del evento, una cifra astronómica para los parámetros de la época y que nunca pudo confirmarse con exactitud debido a la ausencia de balances contables. El dinero se utilizó también para remodelar algunos de los estadios que serían sede de los partidos y para la creación de una moderna planta de televisión a colores, el “Centro de Producción Buenos Aires”, ubicada en la esquina de la avenida Libertador y Tagle de la Ciudad de Buenos Aires.
Fuera de la Argentina, el Mundial generó un fuerte impacto entre las y los exiliados, que se tradujo en una fractura entre quienes pretendían impedir la realización del torneo –agrupados en el Comité de Boicot a la Organización del Mundial de Fútbol en la Argentina (COBA)– y quienes, en cambio, creían que el evento deportivo era una ocasión excepcional para concitar la atención de la prensa internacional y exponer así ante el mundo las atrocidades que cometía la Junta Militar en el país. Las posiciones y disputas entre ambos grupos quedaron reflejadas en la documentación que produjeron durante las distintas campañas de denuncia y solidaridad que llevaron adelante en diversos países de América y, fundamentalmente, de Europa Occidental.
El Mundial comenzó formalmente con la ceremonia de apertura que se realizó el 1 de junio, de la que participó el presidente de facto Jorge Rafael Videla, y se extendió a lo largo de poco más de tres semanas. La competencia deportiva tuvo como ganadora a la Argentina, que se consagró así por primera vez como campeona del mundo, aunque al día de hoy existen sospechas sobre el posible arreglo del partido en que la selección local le ganó 6 a 0 al combinado de Perú, resultado que le permitió clasificar a las instancias definitorias del certamen. En términos políticos, el enorme esfuerzo destinado por la dictadura para mejorar su imagen en el extranjero no rindió sus frutos, como dejaría en evidencia la creciente condena internacional al régimen militar durante los años posteriores.
Entre los documentos que forman parte de este acervo se encuentran: legajos de personal contratado, documentación administrativa, planos y fotografías de las obras realizadas en todo el país, expedientes de compras y contrataciones, resoluciones de la presidencia del Ente Autárquico, organigramas, adjudicaciones (muchas de ellas directas), libros de obras de construcción y ampliación de estadios de fútbol (River Plate, Vélez Sarsfield, Mar del Plata, Rosario Central, Córdoba y Mendoza), cintas de audio de partidos, correspondencia nacional e internacional, modelos de uniformes del personal, notas del concurso cerrado para la creación del afiche oficial Campeonato Mundial de Futbol 1978, fotocromos para boletines y transparencias varias, notas sobre las transmisiones televisivas, listados de acreditaciones periodísticas y planes de acción psicológica tendientes a mejorar la imagen del país.

La reestructración del Ejército Argentino de mediados de la década de 1960 se desarrolló en simultáneo con la actualización de las hipótesis de conflicto del arma, que suponía el fin de la tradicional doctrina de Defensa Nacional (DDN) como única idea estructurante de las FF.AA argentinas. En adelante, esta coexistiría con otra hipótesis que centraba la atención en una amenaza interna y no en el enfrentamiento interestatal, la cual abrevaba de los postulados de la Doctrina de la Guerra Revolucionaria (DGR) francesa y de la llamada Doctrina de Seguridad Nacional (DSN) norteamericana.
En base a estas líneas de investigación, la presente colección tiene copia de documentos pertenecientes al Ejército Argentino, la Fuerza Aérea Argentina, la Gendarmería Nacional y el Departamento de Archivos de la Biblioteca Nacional Mariano Moreno (Fondo Centro de Estudios Nacionales. Subfondo Presidencia de Arturo Frondizi).

El Plan CONINTES fue puesto en vigencia secretamente por Arturo Frondizi el 14 de noviembre de 1958, mediante el Decreto “S” Nº 9880/58 y luego de forma pública en 1960, mediante la sanción de los decretos Nº 2628/1960 y Nº2639/1960. Técnicamente el plan finalizó el 1 de agosto de 1961, con la sanción del decreto 6495/1961. En reemplazo del Plan CONINTES, fue sancionada la Ley 15.293 de Represión de las Actividades Terroristas y aprobada el 21 de julio de 1960, que establecía penas más severas que las existentes hasta entonces, tras la modificación del Código Penal.
Su objetivo fue poner fin a una serie de protestas laborales haciendo uso de la represión estatal. Es considerado un antecedente del Terrorismo de Estado debido a que durante ese periodo se ampliaron las prerrogativas dadas a las Fuerzas Armadas, autorizando la detención y enjuiciamiento de civiles bajo código militar, la instalación de un estado de guerra donde toda forma de resistencia (luchas políticas o sindicales) eran caracterizadas como accionar de fuerzas enemigas y la subordinación de las Fuerzas de Seguridad y policías provinciales a las Fuerzas Armadas, entre otras medidas.
Esta colección reúne recortes de prensa, publicaciones, listados de detenidos, testimonios, fotografías, noticieros, diarios, revistas, artículos de publicaciones periódicas, actuaciones de justicia militar, informes, legislación, libros históricos, causas judiciales, informes de inteligencia, órdenes de operaciones, reglamentos, manuales militares, debates parlamentarios, entre otros documentos producidos entre 1958 y 1962 principalmente.
En particular, copia de documentos relevados del Fondo Centro de Estudios Nacionales; debates parlamentarios, diarios de sesiones ordinarias y versiones taquigráficas de sesiones de la Cámara de Diputados; copia de legajos de la Mesa Doctrina del Fondo DIPPBA; decretos del Poder Ejecutivo Nacional; libros históricos de destacamentos de Gendarmería Nacional; acuerdos bilaterales entre el Gobierno francés y el gobierno argentino; cursos y conferencias brindados en las diferentes Escuelas de Guerra de cada Fuerza Armada, así como artículos publicados en sus revistas; cursos superiores de la Escuela de Comando y Estado Mayor de la Fuerza Aérea Argentina; la declaración de Antonio Vañek, Almirante Retirado, ex Comandante de Operaciones Navales de 1976, en Expte. Nº 10.326/96, caratulado “Nicolaides, Cristino y otros s/ sustracción de menores”, radicado en el Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal Nº 7, Secretaría Nº 13, Cuerpo 19; sentencias del Consejo de Guerra; Actuaciones de Justicia Militar del Ejército Argentino; directivas, órdenes, reglamentos y manuales militares.
A su vez, copia de documentos entregados informalmente por el investigador Gabriel Périès:

• Documento N° 404, Embajada de Francia en la Argentina, 29 de marzo de 1956.
• Carta N° 614, Embajada de Francia en la Argentina, Asuntos Políticos, 11 de septiembre de 1958.
• Nota N° 961, Embajada de Francia en la Argentina. Buenos Aires, 6 de octubre de 1961.
• TTA 117 Instruction Provisoire sur L'emploi de L'arme Psychologique (1957)
• TTA 165 Instruction Provisoire pour L'emploi des Forces Armees (1959)
• Dossier “Documentation”, Plan de défense interne du Territoire (DIT), Exemplaire N° 099/250, Année 1960, École Supérieur de Guerre.
  Entrevistas realizadas en 2011 a Julio Betbeder, Manuel Gallardo, Raimundo Heredia, Víctor Reviglio, Jorge Rulli, Erasmo Sarmiento.
  Copias de diarios, periódicos y revistas: Boletín Informativo, Agencia de Informaciones Católicas (AICA), Diario Clarín, Diario Crítica, Diario Democracia, Diario La Nación, Diario La Razón, Diario Mayoría, Diario Noticias Gráficas, Revista Desarrollo Económico, Revista Panorama, Revista Que, Revista Verbo, Semanario Nuestra Palabra.
  Por último, se obtuvo también copia de la película de Pontecorvo, Gillo, La batalla de Argel. (Argelia-Italia, 1965) y el documental de Robin, Marie Monique (Francia, 2013) Escuadrones de la muerte, la escuela francesa. Respecto a esto último, se incorporaron 70 minutos de documentos inéditos que incluyen los reportajes completos inéditos realizados para el documental.