A través del Decreto 158 del 15 de diciembre de 1983, el gobierno de Raúl Alfonsín ordenó la realización de un juicio sumario a los integrantes de las Juntas Militares que estuvieron en el poder desde el 24 de marzo de 1976 hasta la guerra de Malvinas. Tras derogar la “Ley de autoamnistía” sancionada hacia el final de la dictadura, el 28 de diciembre de 1983 el gobierno comunicó al Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas que debía iniciar la instrucción y el juicio sumario de la que más tarde sería conocida como “Causa 13”.
Apoyándose en la ley 23.049/84 de reforma de del Código de Justicia Militar, y ante las demoras del Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas para juzgar a sus pares, el 4 de octubre de 1984 la Cámara Federal desplazó al tribunal castrense y por avocación continuó con la investigación.
No obstante a cargo de la justicia penal, el proceso judicial se realizó bajo los procedimientos del Código de Justicia Militar, que imponía el juicio sumario, oral y público. Por decisión de la Cámara Nacional de Apelaciones, el canal estatal de televisión, Argentina Televisora Color (ATC), registró íntegramente el desarrollo del juicio.
Entre el 22 de abril y el 14 de agosto de 1985 tuvieron lugar las audiencias orales del juicio en las que prestaron declaración testimonial 833 personas citadas por las defensas y por el Ministerio Público. Entre agosto y septiembre se dio lectura a la acusación presentada por la Fiscalía y entre los meses de octubre y noviembre tuvieron lugar los alegatos de las defensas de los ex comandantes. El 9 de diciembre de 1985, la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal dictó sentencia fundada en el análisis de 709 casos presentados. Jorge Rafael Videla y Emilio Eduardo Massera fueron condenados a reclusión perpetua; Roberto Eduardo Viola a 17 años de prisión; Armando Lambruschini a ocho años y Orlando Ramón Agosti a cuatro años y seis meses. Omar Domingo Rubens Graffigna, Basilio Arturo Lami Dozo, Leopoldo Fortunato Galtieri y Jorge Isaac Anaya fueron absueltos.
El fondo comprende la totalidad de las audiencias orales (530 horas) producidas en el marco del proceso judicial conocido como Juicio a las Juntas Militares, en el que se juzgó a los nueve miembros de las tres primeras Juntas Militares como responsables por las graves violaciones a los derechos humanos ocurridas en Argentina durante la dictadura cívico-militar durante los años 1976 y 1983. Como material complementario fueron digitalizadas las actas mecanografiadas del juicio.
Asimismo, contiene copia digital de los 185 cuerpos de la Causa13/84 caratulada 'causa originariamente instruida por el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas en cumplimiento del decreto 158/83 del Poder Ejecutivo Nacional'. Así como copia de las actas mecanografiadas de las manifestaciones vertidas por el Tribunal, las partes y testigos en el transcurso de la audiencia.
El fondo también reúne la documentación aportada como prueba por cada una de las partes. Se destacan los "cuadernos de la defensa" de Ramón Orlando Agosti, Leopoldo Fortunato Galtieri, Armando Lambruschini, Emilio Eduardo Massera, Jorge Rafael Videla y Roberto Eduardo Viola; así como las Directivas, Planes y Reglamentos de las tres Fuerzas Armadas. También hay copia de los expedientes del Consejo de Guerra Especial Estable. A su vez, pueden encontrarse la documentación traducida del idioma inglés aportada como cuaderno de prueba de la Fiscalía, documentación y reclamos gestionados a través de la Cancillería argentina vinculados a denuncias realizadas en el exterior y copia de la documentación aportada por los testigos.
Por su parte, pueden encontrarse copias de las denuncias vinculadas a desapariciones forzadas de personas recibidas por el Ministerio de Defensa durante el periodo de la dictadura, distintas denuncias de privación ilegítima de la libertad recibidas ante la justicia de las provincias de Entre Ríos, Mendoza y Santa Fe y copia de todos los habeas corpus presentados durante el juicio.

El 16 de junio de 1955 se produjo en la Ciudad de Buenos Aires el bombardeo de Plaza de Mayo, Casa Rosada y sus zonas adyacentes. Ese hecho, inédito hasta entonces, fue una acción instrumentada por militares y civiles argentinos decididos a poner fin al proceso democrático instaurado por el gobierno peronista en 1946. En cumplimiento de ese objetivo golpista, la conspiración no reparó en los costos humanos de su acción, ocasionando durante el bombardeo y los posteriores enfrentamientos armados al menos 309 víctimas fatales y un indeterminado número de heridos. Esta colección reúne recortes de prensa, publicaciones, nóminas de fallecidos, testimonios, fotografías, noticieros, diarios, revistas, artículos de publicaciones periódicas, actas de defunción, legislación, legajos militares, libros históricos, causas judiciales y otro tipo de documentos oficiales relacionados con las acciones de ese día de junio. En particular:

• Recortes de Prensa relacionados con el bombardeo del 16 de junio de 1955 y la “Revolución libertadora”. Periodo 1967/1972, 35 fojas
• Libro del Regimiento “Granaderos a Caballo General San Martín”, 37 fojas
• Policía Federal Argentina. “Nomina de fallecidos a raíz de hechos del día 16 de junio de 1955”, 20 fojas
• Expediente 2262/2009 de la Corte Suprema de la Nación. Solicitud de “informe s/practicas de autopsias a cadáveres fallecidos en inmediaciones de Plaza de Mayo el día 16-17-18/6/1955”, 8 fojas
• Ministerio de Marina. Decreto PEN 10.732/55 en relación a la baja del cuadro permanente de la Marina de Guerra del Teniente de Corbeta D. Eduardo Invierno y fotografías, 9 fojas
• Boletín oficial del 14 de julio de 1955, 1 foja
• Esto Es, Año III Número 82, Buenos Aires, 27 de junio de 1955, 20 fojas
• Carpeta conteniendo Proyecto de Ley 3216-D-2006- Monumento en recuerdo a las Víctimas del bombardeo a Pza. de Mayo de 1955 y artículos periodísticos varios, 26 fojas
• Trámite Nota ANM 311/08 en relación a solicitud de certificados de defunción correspondientes a los días 16,17,18 de junio de 1955 de las localidades de Avellaneda, Lanus, Berazategui, Quilmes y Lomas de Zamora, 33 fojas
• Gonzalo Cháves 16 de junio de 1955-La Masacre de Plaza de Mayo. “as Víctimas”, 27 fojas
• Copia del legajo Personal del General de Brigada Tomás Vergara Ruzo, 3 fojas
• Parte del Libro Histórico del Regimiento de Infantería 3 “General Belgrano”, 20 fojas
• Trámite Nota ANM 120/09 solicitando al Ministerio de Defensa Nómina de muertos en el bombardeo a Plaza de Mayo del 16 de junio de 1955, pertenecientes a la Fuerza Aérea Argentina, Armada Argentina, Ejército y demás fuerzas de seguridad, 79 fojas
• Clarín, 29/09/1955, 12 fojas
• Carpeta conteniendo publicaciones: El Emilio, Año 2 Nº 6, junio-julio 2005, 10 fojas; Suplemento especial Página 12, “Peronismo” por José Pablo Feinmann, 2 fojas; Suplemento Página 12 “Historia de la Economía Argentina del siglo XX” Nº 25, 8 fojas; Ahora, Año XXI Nº 2323, 4 de octubre de 1955, 16 fojas; Ahora, Año XXI Nº 2301, 15 de julio de 1955, 16 fojas
• Copias libro de Pedro Bevilacqua Hay que matar a Perón, 14 fojas
• Presentación de los Sres. Miguel De Renzis y Carlos Villagra de la Fundación Evita al ex Secretario de Derechos Humanos Dr. Eduardo luis Duhalde, 6 fojas
• “D’ Andrea Mohr: un coraje inqueblantable” por Juan Salinas, 1 foja
• Carpeta con actas de defunción del registro Civil de C.A.B.A., 188 fojas
• Policía Federal Argentina, “Nómina de Heridos que han declarado”, 29 fojas
• Documentación relativa a Mariano Grondona, vinculada a su rol en el intento de derrocamiento de Juan Domingo Perón en 1955.
• Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas (Consufa). Causa "C Almte Don Anibal O Olivieri y otros sobre rebelión militar EXP 26.137", 492 fojas.
• Juzgado Nacional de Primera Instancia en lo Penal de la Capital Federal, "Averiguación hechos de rebelión", EXP 3.744, 8 cuerpos.

Asimismo, pueden encontrarse los registros audiovisuales de los siguientes sobrevivientes y familiares de víctimas del bombardeo dentro de la Sección Audiovisual del Fondo del Archivo Nacional de la Memoria:
Laura Abatángelo (empleada de comercio)
Natividad López (trabajadora)
Justo Roque González (trabajador del puerto)
Ignacio Olarte (ex conscripto)
Crescencio Ayala (obrero de la construcción)
Luis Guerci (granadero conscripto)
Diego Bermúdez (granadero conscripto)
Edmundo Napoleón Mercado (granadero conscripto)
Antonio Amitrano (militar conscripto)
Horacio Rossi (suboficial de Marina)
Daniela Marino (abogada y nieta de Juan Carlos Marino, empleado de la Aduana y fallecido durante el bombardeo a Plaza de Mayo)
Estela Cejas (ama de casa -hija de Delfina Cejas, ama de casa y fallecida durante el bombardeo a Plaza de Mayo)
Beatriz Contreras (hija de Tomás Eduardo Contreras, víctima del bombardeo a Plaza de Mayo)
Roberto Rodríguez (hijo de Carlos Rodríguez, chofer del director de la asistencia pública y fallecido durante el bombardeo a Plaza de Mayo)
Liliana Bacalja (hija de José Mariano Bacalja, fallecido durante el bombardeo a Plaza de Mayo)
Enrique Juan Cosse (hijo de Enrique Adolfo Cosse, fallecido durante el bombardeo a Plaza de Mayo)
María Braña (hija Carlos Braña, Capitán de Marina)
Mirta Ñáñez (hermana de Raúl Alberto Ñáñez, fallecido durante el bombardeo a Plaza de Mayo)
Ivonne Maccione y Lucas Maccione (nietos de Leonardo Salvador Maccione, fallecido durante el bombardeo a Plaza de Mayo)
María Cristina Rojas y Mario Rojas (hijos de Julio Ventura Rojas, fallecido durante el bombardeo a Plaza de Mayo)
Liliana Mures (sobrina de Oscar Aníbal Mures, fallecido durante el bombardeo a Plaza de Mayo)
Sergio Bembich (hijo de Juan Bembich, fallecido durante el bombardeo a Plaza de Mayo)
La colección incluye archivos sonoros que se utilizaron para ser incorporados en la producción del material multimedia sobre el bombardeo a Plaza de Mayo del 16 de Junio de 1955. Se trata de 31 archivos de audio que incluyen; crónicas de los hechos realizadas por diversas radios afines a los golpistas, discursos del Presidente Juan Domingo Peron y de los militares involucrados en el golpe de septiembre de 1955.
A su vez, contiene copia de las actuaciones de justicia militar elaboradas por el Ejército Argentino para la investigación de los sucesos ocurridos durante el 16 de junio de 1955 (AJM 24310, AJM 24323, AJM 24334, AJM 24395, AJM 24400).

El Plan CONINTES fue puesto en vigencia secretamente por Arturo Frondizi el 14 de noviembre de 1958, mediante el Decreto “S” Nº 9880/58 y luego de forma pública en 1960, mediante la sanción de los decretos Nº 2628/1960 y Nº2639/1960. Técnicamente el plan finalizó el 1 de agosto de 1961, con la sanción del decreto 6495/1961. En reemplazo del Plan CONINTES, fue sancionada la Ley 15.293 de Represión de las Actividades Terroristas y aprobada el 21 de julio de 1960, que establecía penas más severas que las existentes hasta entonces, tras la modificación del Código Penal.
Su objetivo fue poner fin a una serie de protestas laborales haciendo uso de la represión estatal. Es considerado un antecedente del Terrorismo de Estado debido a que durante ese periodo se ampliaron las prerrogativas dadas a las Fuerzas Armadas, autorizando la detención y enjuiciamiento de civiles bajo código militar, la instalación de un estado de guerra donde toda forma de resistencia (luchas políticas o sindicales) eran caracterizadas como accionar de fuerzas enemigas y la subordinación de las Fuerzas de Seguridad y policías provinciales a las Fuerzas Armadas, entre otras medidas.
Esta colección reúne recortes de prensa, publicaciones, listados de detenidos, testimonios, fotografías, noticieros, diarios, revistas, artículos de publicaciones periódicas, actuaciones de justicia militar, informes, legislación, libros históricos, causas judiciales, informes de inteligencia, órdenes de operaciones, reglamentos, manuales militares, debates parlamentarios, entre otros documentos producidos entre 1958 y 1962 principalmente.
En particular, copia de documentos relevados del Fondo Centro de Estudios Nacionales; debates parlamentarios, diarios de sesiones ordinarias y versiones taquigráficas de sesiones de la Cámara de Diputados; copia de legajos de la Mesa Doctrina del Fondo DIPPBA; decretos del Poder Ejecutivo Nacional; libros históricos de destacamentos de Gendarmería Nacional; acuerdos bilaterales entre el Gobierno francés y el gobierno argentino; cursos y conferencias brindados en las diferentes Escuelas de Guerra de cada Fuerza Armada, así como artículos publicados en sus revistas; cursos superiores de la Escuela de Comando y Estado Mayor de la Fuerza Aérea Argentina; la declaración de Antonio Vañek, Almirante Retirado, ex Comandante de Operaciones Navales de 1976, en Expte. Nº 10.326/96, caratulado “Nicolaides, Cristino y otros s/ sustracción de menores”, radicado en el Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal Nº 7, Secretaría Nº 13, Cuerpo 19; sentencias del Consejo de Guerra; Actuaciones de Justicia Militar del Ejército Argentino; directivas, órdenes, reglamentos y manuales militares.
A su vez, copia de documentos entregados informalmente por el investigador Gabriel Périès:

• Documento N° 404, Embajada de Francia en la Argentina, 29 de marzo de 1956.
• Carta N° 614, Embajada de Francia en la Argentina, Asuntos Políticos, 11 de septiembre de 1958.
• Nota N° 961, Embajada de Francia en la Argentina. Buenos Aires, 6 de octubre de 1961.
• TTA 117 Instruction Provisoire sur L'emploi de L'arme Psychologique (1957)
• TTA 165 Instruction Provisoire pour L'emploi des Forces Armees (1959)
• Dossier “Documentation”, Plan de défense interne du Territoire (DIT), Exemplaire N° 099/250, Année 1960, École Supérieur de Guerre.
  Entrevistas realizadas en 2011 a Julio Betbeder, Manuel Gallardo, Raimundo Heredia, Víctor Reviglio, Jorge Rulli, Erasmo Sarmiento.
  Copias de diarios, periódicos y revistas: Boletín Informativo, Agencia de Informaciones Católicas (AICA), Diario Clarín, Diario Crítica, Diario Democracia, Diario La Nación, Diario La Razón, Diario Mayoría, Diario Noticias Gráficas, Revista Desarrollo Económico, Revista Panorama, Revista Que, Revista Verbo, Semanario Nuestra Palabra.
  Por último, se obtuvo también copia de la película de Pontecorvo, Gillo, La batalla de Argel. (Argelia-Italia, 1965) y el documental de Robin, Marie Monique (Francia, 2013) Escuadrones de la muerte, la escuela francesa. Respecto a esto último, se incorporaron 70 minutos de documentos inéditos que incluyen los reportajes completos inéditos realizados para el documental.