El Plan CONINTES fue puesto en vigencia secretamente por Arturo Frondizi el 14 de noviembre de 1958, mediante el Decreto “S” Nº 9880/58 y luego de forma pública en 1960, mediante la sanción de los decretos Nº 2628/1960 y Nº2639/1960. Técnicamente el plan finalizó el 1 de agosto de 1961, con la sanción del decreto 6495/1961. En reemplazo del Plan CONINTES, fue sancionada la Ley 15.293 de Represión de las Actividades Terroristas y aprobada el 21 de julio de 1960, que establecía penas más severas que las existentes hasta entonces, tras la modificación del Código Penal.
Su objetivo fue poner fin a una serie de protestas laborales haciendo uso de la represión estatal. Es considerado un antecedente del Terrorismo de Estado debido a que durante ese periodo se ampliaron las prerrogativas dadas a las Fuerzas Armadas, autorizando la detención y enjuiciamiento de civiles bajo código militar, la instalación de un estado de guerra donde toda forma de resistencia (luchas políticas o sindicales) eran caracterizadas como accionar de fuerzas enemigas y la subordinación de las Fuerzas de Seguridad y policías provinciales a las Fuerzas Armadas, entre otras medidas.
Esta colección reúne recortes de prensa, publicaciones, listados de detenidos, testimonios, fotografías, noticieros, diarios, revistas, artículos de publicaciones periódicas, actuaciones de justicia militar, informes, legislación, libros históricos, causas judiciales, informes de inteligencia, órdenes de operaciones, reglamentos, manuales militares, debates parlamentarios, entre otros documentos producidos entre 1958 y 1962 principalmente.
En particular, copia de documentos relevados del Fondo Centro de Estudios Nacionales; debates parlamentarios, diarios de sesiones ordinarias y versiones taquigráficas de sesiones de la Cámara de Diputados; copia de legajos de la Mesa Doctrina del Fondo DIPPBA; decretos del Poder Ejecutivo Nacional; libros históricos de destacamentos de Gendarmería Nacional; acuerdos bilaterales entre el Gobierno francés y el gobierno argentino; cursos y conferencias brindados en las diferentes Escuelas de Guerra de cada Fuerza Armada, así como artículos publicados en sus revistas; cursos superiores de la Escuela de Comando y Estado Mayor de la Fuerza Aérea Argentina; la declaración de Antonio Vañek, Almirante Retirado, ex Comandante de Operaciones Navales de 1976, en Expte. Nº 10.326/96, caratulado “Nicolaides, Cristino y otros s/ sustracción de menores”, radicado en el Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal Nº 7, Secretaría Nº 13, Cuerpo 19; sentencias del Consejo de Guerra; Actuaciones de Justicia Militar del Ejército Argentino; directivas, órdenes, reglamentos y manuales militares.
A su vez, copia de documentos entregados informalmente por el investigador Gabriel Périès:

• Documento N° 404, Embajada de Francia en la Argentina, 29 de marzo de 1956.
• Carta N° 614, Embajada de Francia en la Argentina, Asuntos Políticos, 11 de septiembre de 1958.
• Nota N° 961, Embajada de Francia en la Argentina. Buenos Aires, 6 de octubre de 1961.
• TTA 117 Instruction Provisoire sur L'emploi de L'arme Psychologique (1957)
• TTA 165 Instruction Provisoire pour L'emploi des Forces Armees (1959)
• Dossier “Documentation”, Plan de défense interne du Territoire (DIT), Exemplaire N° 099/250, Année 1960, École Supérieur de Guerre.
  Entrevistas realizadas en 2011 a Julio Betbeder, Manuel Gallardo, Raimundo Heredia, Víctor Reviglio, Jorge Rulli, Erasmo Sarmiento.
  Copias de diarios, periódicos y revistas: Boletín Informativo, Agencia de Informaciones Católicas (AICA), Diario Clarín, Diario Crítica, Diario Democracia, Diario La Nación, Diario La Razón, Diario Mayoría, Diario Noticias Gráficas, Revista Desarrollo Económico, Revista Panorama, Revista Que, Revista Verbo, Semanario Nuestra Palabra.
  Por último, se obtuvo también copia de la película de Pontecorvo, Gillo, La batalla de Argel. (Argelia-Italia, 1965) y el documental de Robin, Marie Monique (Francia, 2013) Escuadrones de la muerte, la escuela francesa. Respecto a esto último, se incorporaron 70 minutos de documentos inéditos que incluyen los reportajes completos inéditos realizados para el documental.

Según la Ley Orgánica de la Provincia de San Juan Nº 3612, de 1970, la estructura de la policía provincial de la provincia de San Juan se componía de cinco departamentos, el D2 correspondía a Informaciones Policiales. Esta estructura se replicaba a nivel de las Fuerzas Armadas y de otras policías provinciales (D1 Personal, D2 Informaciones/Inteligencia, D3 Operaciones, D4 Logística, D5 Judicial en el caso de San Juan, también podía ser Asuntos Civiles o Territoriales en otras provincias). Los representantes del Ministerio Público Fiscal que investigaron su funcionamiento consideraron que el D-2 "realizaba el trabajo de inteligencia, y también intervenía en lo operativo"; el D-3 "prestaba el apoyo operativo a las acciones del D-2"; el D-4 "acompañaba con la logística", y el D- 5 "manejaba la información judicial existente de todas las víctimas, no así la política, que la obtenía, seleccionaba y utilizaba el D-2". A partir de la Directiva del Consejo de Defensa 1/75 del 15 de octubre de 1975, las policías provinciales quedaban bajo control operacional de las Fuerzas Armadas. En el territorio de San Juan, la policía provincial quedaba bajo las órdenes del Regimiento de Infantería de Montaña Nº 22 del Ejército.
El fondo se compone de los documentos producidos por el Departamento 2 de la Plana Mayor de la Policía Provincial, en el cumplimiento de sus funciones. Se encuentra en proceso de identificación las series documentales que lo integran. Por lo tanto, por el momento, se puede constatar solamente la existencia de fichas e informes de antecedentes y recortes periodísticos vinculados al seguimiento de personas y actividades de universidades, partidos políticos, gremios, sindicatos, entidades religiosas, entre otros.
El fondo reúne los siguientes biblioratos, que contienen lo que se detalla a continuación:

• "Antecedentes de Personas (V25)": notas vinculadas a solicitudes y remisiones de antecedentes de personas, e informes de antecedentes. Se incluyen formularios con datos personales, educativos, laborales, ideológicos, gremiales, religiosos y /o judiciales.
• "Gremios": comunicaciones, notas, recortes de prensa, volantes, artículos periodísticos, listados de comisiones directivas de distintos sindicatos, listados de organizaciones gremiales, invitaciones, designaciones, notas de peticiones de permiso para asambleas.
• "Movimientos universitarios": recortes periodísticos de temas universitarios, certificados de alumno regular, ordenanzas internas, organigramas, listados de autoridades de universidades y folletos.
• "Partidos políticos": recortes de prensa, listado de autoridades de los partidos, informes de inteligencia, informes de actividades, declaraciones de figuras políticas, listados de Comisiones Directivas de los partidos, volantes, boletines, listas de candidatos y volantes de votaciones.
• "Subversión": partes de inteligencia semanales, recortes de prensa, nóminas de pasajeros, volantes, revistas, listados de automóviles que ingresan a la provincia.
• "Entidades religiosas": Recortes de prensa, notificaciones, publicaciones y peticiones de autorizaciones.
• "Residentes extranjeros": Recortes de prensa, solicitudes de informes de antecedentes, informes de antecedentes, cartas de ciudadanía, censos.
• "Medios de comunicación": Listado de periodistas acreditados por el Mundial 78, artículos, recortes periodísticos sobre canales de TV, repetidoras, notas vinculadas a la prohibición de libros, y programación de medios.
• "Personal de Informaciones policiales": Informes de novedades, memorandos, listados con nombres de personas
• "Alta. Promoción. Baja personal policial": partes informativos semanales y Órdenes del día.
• "Organismos de Derechos Humanos": recortes de prensa, informes de inteligencia, listados de personas desaparecidas en San Juan, volantes y folletos.
  Además, hay legajos policiales de detenidos a disposición del PEN, recortes de prensa sobre la Asocicación Amigos Sanjuaninos, memos e informes varios de los años 2002 a 2003.
  Por último, forma parte del fondo, un fichero donde figuran, ordenadas alfabéticamente, antecedentes de personas.

Durante la última dictadura cívico-militar, la Prefectura Naval dependía de la Armada Argentina. En particular, la Prefectura de Zona Mar Argentino Norte tiene su sede en Bahía Blanca y la extensión de su jurisdicción comprende las costas y el mar Argentino en las provincias de Buenos Aires (excepto zona norte), Río Negro y Chubut (parte norte). Incluye las prefecturas de Mar del Plata, Bahía Blanca, Patagones, Quequén (todas en la Provincia de Buenos Aires), Puerto Madryn, Rawson, San Antonio Oeste, Punta Colorada.
Las fechas extremas de los documentos comprenden los años de 1957 a 1994. Pueden encontrarse copias digitales de circulares, informes de inteligencia, comunicaciones producidas por diferentes dependencias de la Armada y la Prefectura, así como informes de seguimiento y ambientales a diferentes organizaciones políticas y sindicales tales como Allfish S.A. Proyecto Integral Pesquero, Asociación Argentina de Telegrafistas y afines Luz y Fuerza, Asociación Personal Junta Nacional de Granos, C.G.T. 62 Organizaciones, C.O.P.E.L. Cooperativa y Sociedad, F.O.E.T.R.A., Ferro-Portuarios, La Fraternidad, S.O.I.P., S.U.P.A. Sindicato Empleados Portuarios, Sindicato de Trabajadores Correos y telecomunicaciones, Sindicato Electricistas Navales -Conductores y Maquinistas Fusionados de la R.A., U.R.G.A., Unión Ferroviaria, Unión Obrera Metalúrgica.
Asimismo, copias digitales de informes, resoluciones, oficios y memoradums con diferentes clasificaciones de seguridad de la Armada Argentina del año 1975. La memoria anual años 1974-1975 de la Prefectura Zona Atlántico, la memoria anual del año 1973 de la Prefectura de Ushuaia e Islas del Atlántico Sur. Una Orden de Operaciones 1/74 – PADAOP. Documentación vinculada a la Delegación Inteligencia de Mar del Plata de los años 1957 a 1991. Y un Anteproyecto de Ley de Organización Operativa Portuaria.