Durante la última dictadura cívico-militar, la Prefectura Naval dependía de la Armada Argentina. En particular, la Prefectura de Zona Mar Argentino Norte tiene su sede en Bahía Blanca y la extensión de su jurisdicción comprende las costas y el mar Argentino en las provincias de Buenos Aires (excepto zona norte), Río Negro y Chubut (parte norte). Incluye las prefecturas de Mar del Plata, Bahía Blanca, Patagones, Quequén (todas en la Provincia de Buenos Aires), Puerto Madryn, Rawson, San Antonio Oeste, Punta Colorada.
Las fechas extremas de los documentos comprenden los años de 1957 a 1994. Pueden encontrarse copias digitales de circulares, informes de inteligencia, comunicaciones producidas por diferentes dependencias de la Armada y la Prefectura, así como informes de seguimiento y ambientales a diferentes organizaciones políticas y sindicales tales como Allfish S.A. Proyecto Integral Pesquero, Asociación Argentina de Telegrafistas y afines Luz y Fuerza, Asociación Personal Junta Nacional de Granos, C.G.T. 62 Organizaciones, C.O.P.E.L. Cooperativa y Sociedad, F.O.E.T.R.A., Ferro-Portuarios, La Fraternidad, S.O.I.P., S.U.P.A. Sindicato Empleados Portuarios, Sindicato de Trabajadores Correos y telecomunicaciones, Sindicato Electricistas Navales -Conductores y Maquinistas Fusionados de la R.A., U.R.G.A., Unión Ferroviaria, Unión Obrera Metalúrgica.
Asimismo, copias digitales de informes, resoluciones, oficios y memoradums con diferentes clasificaciones de seguridad de la Armada Argentina del año 1975. La memoria anual años 1974-1975 de la Prefectura Zona Atlántico, la memoria anual del año 1973 de la Prefectura de Ushuaia e Islas del Atlántico Sur. Una Orden de Operaciones 1/74 – PADAOP. Documentación vinculada a la Delegación Inteligencia de Mar del Plata de los años 1957 a 1991. Y un Anteproyecto de Ley de Organización Operativa Portuaria.

El Archivo Nacional de la Memoria en cumplimiento de su misión y funciones produce y recibe documentos que dan testimonio de su vida institucional. Es por ello que en su fondo se puede encontrar una amplia cantidad de documentos generados por sus dependencias, siendo la documentación más voluminosa la administrativa y de recursos humanos (correspondencia, memos, convenios, presupuestos, trámites internos, informes, normativas, contratos, registro y control de bienes patrimoniales, expedientes de compras, recibos de pagos, registro de asistencia, entre tantos otros).
Asimismo, este fondo permite acercarse a las acciones de cooperación internacional con la región del Mercosur como de países europeos, desacatándose los convenios con el gobierno del Reino de España, UNICEF, PNUD y la participación en el Programa de Apoyo al Desarrollo de los Archivos Iberoamericanos (ADAI) que aportaron al fortalecimiento institucional del Archivo, desde el 2005 al 2014. Además, en el marco de la construcción del Espacio y Centro Cultural para la Memoria Trelew en el viejo aeropuerto de la ciudad, podemos encontrar las notas remitidas por este tema tanto desde la Secretaría Ejecutiva del ANM como por el Secretario de Derechos Humanos de la Nación así como planos y fotos del aeropuerto, proyectos e informes vinculados con su construcción, folletería de difusión de la Secretaría de Derechos Humanos sobre el tema, síntesis de reuniones, propuestas y Actas de las reuniones de la Comisión Bipartita y Comisión Ad-hoc, entre otros.
A partir de las actividades de obtener, investigar y preservar informaciones, testimonios y documentos sobre el quebrantamiento de los derechos humanos y las libertades fundamentales en que este comprendida la responsabilidad del Estado Argentino y sobre la respuesta social e institucional ante esas violaciones, el Archivo produjo diversa documentación tal como:
Registros de testimonios de víctimas de desaparición forzada y del accionar represivo en el Cono Sur, conformados hasta julio 2013; registros censales de personas de nacionalidad argentina o extranjeros, que revistieron el carácter de presos políticos en la República Argentina en el período comprendido entre el 16 de septiembre de 1955 y el 10 de diciembre de 1989, generados desde el 2009 hasta el 2014; oficios judiciales e informes que hasta el día de hoy se producen, para dar respuesta a las solicitudes de antecedentes de personas por violaciones a los derechos humanos en el marco de las Ordenanzas 1/94 y 1/04 de la Prefectura Naval Argentina y el Decreto 157/2006 que regula la actividad de las empresas de seguridad privada en el ámbito de la Policía de Seguridad Aeroportuaria; documentación generada a partir de las investigaciones llevadas a cabo por el Archivo: sobre las violaciones a los derechos humanos que sufrieron personas de origen español en la Argentina, Sitios de Memoria y ex Centros Clandestinos de Tortura y Exterminio, Ley de Residencia, Masacre de Trelew, Golpe de estado de 1955, Bombardeo de la Plaza de Mayo el 16 de Junio de 1955, Plan CONINTES (Conmoción Interna del Estado) el Cordobazo, Plan Cóndor, Doctrina de Seguridad Nacional, entre otras.
Prevalece una gran cantidad de registros fotográficos de actividades institucionales y de promoción de los derechos humanos, entre la cuales se encuentran las fotografías tomadas durante las actividades de la Comisión Especial de la Unión de Naciones Suramericanas (UNASUR) responsable de investigar la masacre ocurrida el 11 de septiembre de 2008 en la localidad boliviana de Pando. Se suman a estos registros fotografías de los edificios que funcionaron como Centros Clandestinos de Detención y del trabajo desarrollado por los trabajadores del ANM en la recuperación, tratamiento archivístico y conservación documental.
También hay registros audiovisuales de actividades institucionales en relación a los derechos humanos, actos y recorridos en el ex CCD ESMA y colocación de los carteles en los edificios de las distintas dependencias del Estado y de los organismos de derechos humanos; actividades de la recuperación y puesta en valor de los edificios que integran el predio del ex CCD ESMA; señalizaciones impulsadas por la Red Federal de Sitios de Memoria en lugares donde funcionaron centros clandestinos de detención, tortura y exterminio; actividades, actos y movilizaciones en el marco de los juicios de lesa humanidad que se siguen a los represores de la última dictadura militar y videos institucionales sobre la defensa y promoción de los derechos humanos y que se proponen visibilizar el operar del terror de Estado así como sus prácticas, mecanismos y efectos y las experiencias y legados de las organizaciones políticas y sociales y las militancias. Además, una gran cantidad de entrevistas a personas representativas de la vida política, social y cultural de la Argentina conforman el Archivo Oral.
También puede encontrarse dentro de este fondo tanto las comunicaciones, acuerdos, listados y documentos de trabajo vinculados con la "Mesa de Archivos", coordinada por el Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto de la Nación. Esta Comisión Técnica Mixta, compuesta por distintas instituciones de archivos públicos, representantes del Ministerio Público Fiscal y organismos de derechos humanos, se creó en el marco de los acuerdos bilaterales específicos realizados entre Argentina con Brasil, Uruguay y Chile en el ámbito de la Reunión de Altas Autoridades en materia de Derechos Humanos y Cancillerías del MERCOSUR (RAADDHH). El objetivo de estos acuerdos bilaterales (también conocidos como Memorandos de Entendimiento - MOU) es el intercambio de documentación para el esclarecimiento de graves violaciones a los derechos humanos entre los diferentes países. La Secretaría de Derechos Humanos de la Nación ha sido parte activa desde el principio en estos acuerdos, derivando la participación en las reuniones en el Archivo Nacional de la Memoria. Es atribución del ANM también la reunión y preservación de las copias de toda la información circulante en el marco de estos Memorandos: tanto aquella entregada por las instituciones nacionales (Cancillería, Ministerio de Defensa, Ministerio de Seguridad, Ministerio Público Fiscal, Comisión Provincial por la Memoria de la Provincia de Buenos Aires, entre otras) como aquella provista a la Argentina por instancias de carácter internacional, siguiendo los criterios de confidencialidad que emanan de los acuerdos.
En cumplimiento de sus actividades fundamentales, vinculadas a "obtener, analizar, clasificar, duplicar, digitalizar y archivar informaciones, testimonios y documentos sobre el quebrantamiento de los derechos humanos y las libertades fundamentales en que esté comprometida la responsabilidad del Estado Argentino y sobre la respuesta social e institucional ante esas violaciones", el ANM crea colecciones en relación a sus intereses con documentos provenientes de diversos fondos de otras instituciones. Cada uno de estos agrupamientos, aunque vinculados estrechamente a las misiones del ANM, se describe de manera independiente.

La colección reúne copia digitales de parte de la documentación que compone el fondo del Servicio de Inteligencia del Chubut (delegación provincial del Servicio de Inteligencia del Estado - SIDE).
Entre las copias de los documentos se encuentran:

• Legajo N° 15 - Actividades culturales
• Publicación "Administración Pública. Aspectos fundamentales sobre la contrainteligencia. Seguridad. Síntesis de Conferencia"
• Normas de financiamiento para paros y actos de terrorismo. 1972
• Recomendaciones elementales de seguridad. 1968. Presidencia de la Nación. Secretaría de Informaciones del Estado.
  Además pueden encontrarse informes de inteligencia gremiales y sobre conflictos laborales, informes de antecedentes de personas; partes, telegramas, memos y notas cursadas entre la SIDE y el SI Chubut; reportes de actividades entre marzo de 1978 y octubre de 1979.