El Plan CONINTES fue puesto en vigencia secretamente por Arturo Frondizi el 14 de noviembre de 1958, mediante el Decreto “S” Nº 9880/58 y luego de forma pública en 1960, mediante la sanción de los decretos Nº 2628/1960 y Nº2639/1960. Técnicamente el plan finalizó el 1 de agosto de 1961, con la sanción del decreto 6495/1961. En reemplazo del Plan CONINTES, fue sancionada la Ley 15.293 de Represión de las Actividades Terroristas y aprobada el 21 de julio de 1960, que establecía penas más severas que las existentes hasta entonces, tras la modificación del Código Penal.
Su objetivo fue poner fin a una serie de protestas laborales haciendo uso de la represión estatal. Es considerado un antecedente del Terrorismo de Estado debido a que durante ese periodo se ampliaron las prerrogativas dadas a las Fuerzas Armadas, autorizando la detención y enjuiciamiento de civiles bajo código militar, la instalación de un estado de guerra donde toda forma de resistencia (luchas políticas o sindicales) eran caracterizadas como accionar de fuerzas enemigas y la subordinación de las Fuerzas de Seguridad y policías provinciales a las Fuerzas Armadas, entre otras medidas.
Esta colección reúne recortes de prensa, publicaciones, listados de detenidos, testimonios, fotografías, noticieros, diarios, revistas, artículos de publicaciones periódicas, actuaciones de justicia militar, informes, legislación, libros históricos, causas judiciales, informes de inteligencia, órdenes de operaciones, reglamentos, manuales militares, debates parlamentarios, entre otros documentos producidos entre 1958 y 1962 principalmente.
En particular, copia de documentos relevados del Fondo Centro de Estudios Nacionales; debates parlamentarios, diarios de sesiones ordinarias y versiones taquigráficas de sesiones de la Cámara de Diputados; copia de legajos de la Mesa Doctrina del Fondo DIPPBA; decretos del Poder Ejecutivo Nacional; libros históricos de destacamentos de Gendarmería Nacional; acuerdos bilaterales entre el Gobierno francés y el gobierno argentino; cursos y conferencias brindados en las diferentes Escuelas de Guerra de cada Fuerza Armada, así como artículos publicados en sus revistas; cursos superiores de la Escuela de Comando y Estado Mayor de la Fuerza Aérea Argentina; la declaración de Antonio Vañek, Almirante Retirado, ex Comandante de Operaciones Navales de 1976, en Expte. Nº 10.326/96, caratulado “Nicolaides, Cristino y otros s/ sustracción de menores”, radicado en el Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal Nº 7, Secretaría Nº 13, Cuerpo 19; sentencias del Consejo de Guerra; Actuaciones de Justicia Militar del Ejército Argentino; directivas, órdenes, reglamentos y manuales militares.
A su vez, copia de documentos entregados informalmente por el investigador Gabriel Périès:

• Documento N° 404, Embajada de Francia en la Argentina, 29 de marzo de 1956.
• Carta N° 614, Embajada de Francia en la Argentina, Asuntos Políticos, 11 de septiembre de 1958.
• Nota N° 961, Embajada de Francia en la Argentina. Buenos Aires, 6 de octubre de 1961.
• TTA 117 Instruction Provisoire sur L'emploi de L'arme Psychologique (1957)
• TTA 165 Instruction Provisoire pour L'emploi des Forces Armees (1959)
• Dossier “Documentation”, Plan de défense interne du Territoire (DIT), Exemplaire N° 099/250, Année 1960, École Supérieur de Guerre.
  Entrevistas realizadas en 2011 a Julio Betbeder, Manuel Gallardo, Raimundo Heredia, Víctor Reviglio, Jorge Rulli, Erasmo Sarmiento.
  Copias de diarios, periódicos y revistas: Boletín Informativo, Agencia de Informaciones Católicas (AICA), Diario Clarín, Diario Crítica, Diario Democracia, Diario La Nación, Diario La Razón, Diario Mayoría, Diario Noticias Gráficas, Revista Desarrollo Económico, Revista Panorama, Revista Que, Revista Verbo, Semanario Nuestra Palabra.
  Por último, se obtuvo también copia de la película de Pontecorvo, Gillo, La batalla de Argel. (Argelia-Italia, 1965) y el documental de Robin, Marie Monique (Francia, 2013) Escuadrones de la muerte, la escuela francesa. Respecto a esto último, se incorporaron 70 minutos de documentos inéditos que incluyen los reportajes completos inéditos realizados para el documental.

La colección se conforma de documentos surgidos en el marco del relevamiento del fichero general de antecedentes y de los registros informáticos del organismo por parte de la Agencia Federal de Inteligencia (AFI). La misma se encuentra organizada en dos carpetas que contienen, entre otros documentos, copia de resoluciones orgánicas, partes de legajos personales, órdenes del día y organigramas correspondientes a los años 1976 a 1983.

La Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas (CONADEP) fue creada por el presidente Raúl Alfonsín a través del decreto Nº 187 del 15 de diciembre de 1983. Contra la propuesta esbozada por la mayoría de los organismos de derechos humanos, que reclamaban la creación de una Comisión bicameral para la investigación de los crímenes de la última dictadura (1976-1983), el titular del Poder Ejecutivo optó por una Comisión de “notables” compuesta por personalidades destacadas de la vida política, cultural y religiosa argentina, presidida por el escritor Ernesto Sábato. Sus otros integrantes fueron Magadalena Ruiz Guiñazú, Ricardo Colombres, René Favaloro –quien renunció poco después–, Hilario Fernández Long, Carlos Gattinoni, Gregorio Klimovsky, Marshall Meyer, Mons. Jaime F. de Nevares, Eduardo Rabossi, Santiago López, Hugo Piucill, Horacio Huarte, Graciela Fernández Meijide, Daniel Salvador, Raúl Aragón, Alberto Mansur y Leopoldo Silgueira.
El objetivo de la CONADEP, que inicialmente funcionaría por seis meses, era recibir denuncias y pruebas sobre los secuestros y desapariciones perpetrados durante la dictadura para remitirlas a la Justicia, investigar cuál había sido el destino de los desaparecidos y desaparecidas y determinar el paradero de los niños y niñas apropiados en el marco del terrorismo de Estado. Además, debía denunciar cualquier intento de las Fuerzas Armadas o las Fuerzas de Seguridad por destruir evidencia de los crímenes de la represión. Todos los datos recabados durante las labores investigativas serían recopilados en un informe final que se pondría en manos del presidente de la Nación. La entrega se efectivizó el 20 de septiembre de 1984, luego de extenderse por tres meses el plazo establecido originalmente para el funcionamiento de la CONADEP, en un acto que tuvo lugar en la casa de gobierno. Dos meses después, el informe fue publicado bajo el título Nunca más por la editorial universitaria EUDEBA, convirtiéndose en un éxito de ventas.
Las tareas de la Comisión se desarrollaron en un clima cargado de tensión por la reticencia de los integrantes de la Fuerzas Armadas y de las Fuerzas de Seguridad a que se llevara adelante una revisión de su actividad represiva durante los años de dictadura. A pesar de ello, y de las dificultades que planteaba la recopilación de información en las zonas alejadas de los grandes centros urbanos, la CONADEP logró registrar 8.960 casos de desaparición forzada y comprobar, a través de inspecciones oculares con sobrevivientes, la existencia de unos 340 centros clandestinos de detención, la mayoría ubicados en dependencias policiales y militares todavía en funcionamiento.
La información recopilada por la Comisión dejó en evidencia que, lejos de constituir “excesos” aislados, los secuestros, las torturas, las desapariciones y los asesinatos habían formado parte de un plan sistemático organizado desde las más altas jerarquías de las Fuerzas Armadas. Esta constatación fue clave para lograr la condena de los integrantes de las tres primeras Juntas Militares en el denominado Juicio a las Juntas, realizado entre abril y diciembre de 1985. La importante circulación pública del Nunca más, por otra parte, fue central para la conformación de una primera memoria pública sobre los crímenes de la dictadura argentina.
El subfondo CONADEP, perteneciente al Fondo Secretaría de Derechos Humanos de la Nación dado el traspaso de funciones a este organismo el cual continuó gestionando, interviniendo y modificando los documentos, se compone de distinto tipo de documentación que refleja la actividad realizada por la Comisión en el marco de sus labores investigativas. Incluye, en primer lugar, los legajos constituidos a partir de formularios que recogían las denuncias de familiares, sobrevivientes o testigos ocasionales de acciones represivas. Estos formularios incorporaban información diversa como ser el nombre y apellido de la víctima, su fecha de nacimiento, documento de identidad, profesión o trabajo, lugar de estudio o trabajo, domicilio, estado civil, número de hijos y edad; fecha, hora y lugar del secuestro, descripción del hecho, mención a testigos si los hubiese y de los posibles responsables; las gestiones realizadas por los familiares y allegados de las víctimas, las respuestas obtenidas ante esos requerimientos y los datos del denunciante. Este subfondo reúne además, más de dos mil fotografías tomadas por el fotógrafo Enrique Shore durante las inspecciones oculares en los centros clandestinos de detención (CCD) así como las actas elaboradas a partir de esas inspecciones junto a un vasto relevamiento documental hecho por la Comisión sobre los CCD. Por otra parte, el fondo contiene también las actas de las reuniones que realizó la CONADEP en el transcurso de su investigación así como las del Comité Ejecutivo, instituido el 29 de diciembre de 1983 dada la necesidad de funcionar ejecutivamente con un grupo más reducido de sus miembros. La correspondencia nacional e internacional de la Comisión también forma parte de este subfondo dando cuenta de los intercambios con organismos estatales y de la sociedad civil tanto de Argentina como de otros países.
Asimismo, se encuentran las elevaciones de denuncias a la Justicia, unos 25.000 habeas corpus que fueron elevados al Poder Judicial para determinar el paradero de personas desaparecidas entre 1975 y 1983, las respuestas de hospitales de salud mental y cementerios con listados de pacientes de hospitales y de entierros sucedidos en los cementerios entre 1976 y 1983. Hay además numerosos relevameintos documentales de dos organismos internacionales que elaboró diferentes listados e investigaciones sobre casos de violaciones a los derechos humanos por parte de la dictadura cívico militar. Tanto la Organización de las Naciones Unidas (ONU) como la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) de la Organización de los Estados Americanos (OEA) reopiló y transfirió la documentación vinculada a estos hechos y, en el caso de la CIDH, aquellos informes de las observaciones in-loco que realizara en 1979, en plena dictadura, y que permitieran dar apoyo internacional a las denuncias que venían realizando los organismos de derechos humanos en el país.
Desde su creación y hasta el presente, el fondo de la CONADEP desarrolla un rol central en el proceso de Memoria, Verdad y Justicia, ya sea como evidencia en los juicios por los crímenes de lesa humanidad, como fuente de consulta para los ascensos de personal de las Fuerzas Armadas y las Fuerzas de Seguridad, como insumo para producciones de distinta índole orientadas a la transmisión de la memoria de los crímenes dictatoriales y para la investigación científica sobre el pasado reciente argentino.