A través del Decreto 158 del 15 de diciembre de 1983, el gobierno de Raúl Alfonsín ordenó la realización de un juicio sumario a los integrantes de las Juntas Militares que estuvieron en el poder desde el 24 de marzo de 1976 hasta la guerra de Malvinas. Tras derogar la “Ley de autoamnistía” sancionada hacia el final de la dictadura, el 28 de diciembre de 1983 el gobierno comunicó al Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas que debía iniciar la instrucción y el juicio sumario de la que más tarde sería conocida como “Causa 13”.
Apoyándose en la ley 23.049/84 de reforma de del Código de Justicia Militar, y ante las demoras del Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas para juzgar a sus pares, el 4 de octubre de 1984 la Cámara Federal desplazó al tribunal castrense y por avocación continuó con la investigación.
No obstante a cargo de la justicia penal, el proceso judicial se realizó bajo los procedimientos del Código de Justicia Militar, que imponía el juicio sumario, oral y público. Por decisión de la Cámara Nacional de Apelaciones, el canal estatal de televisión, Argentina Televisora Color (ATC), registró íntegramente el desarrollo del juicio.
Entre el 22 de abril y el 14 de agosto de 1985 tuvieron lugar las audiencias orales del juicio en las que prestaron declaración testimonial 833 personas citadas por las defensas y por el Ministerio Público. Entre agosto y septiembre se dio lectura a la acusación presentada por la Fiscalía y entre los meses de octubre y noviembre tuvieron lugar los alegatos de las defensas de los ex comandantes. El 9 de diciembre de 1985, la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal dictó sentencia fundada en el análisis de 709 casos presentados. Jorge Rafael Videla y Emilio Eduardo Massera fueron condenados a reclusión perpetua; Roberto Eduardo Viola a 17 años de prisión; Armando Lambruschini a ocho años y Orlando Ramón Agosti a cuatro años y seis meses. Omar Domingo Rubens Graffigna, Basilio Arturo Lami Dozo, Leopoldo Fortunato Galtieri y Jorge Isaac Anaya fueron absueltos.
El fondo comprende la totalidad de las audiencias orales (530 horas) producidas en el marco del proceso judicial conocido como Juicio a las Juntas Militares, en el que se juzgó a los nueve miembros de las tres primeras Juntas Militares como responsables por las graves violaciones a los derechos humanos ocurridas en Argentina durante la dictadura cívico-militar durante los años 1976 y 1983. Como material complementario fueron digitalizadas las actas mecanografiadas del juicio.
Asimismo, contiene copia digital de los 185 cuerpos de la Causa13/84 caratulada 'causa originariamente instruida por el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas en cumplimiento del decreto 158/83 del Poder Ejecutivo Nacional'. Así como copia de las actas mecanografiadas de las manifestaciones vertidas por el Tribunal, las partes y testigos en el transcurso de la audiencia.
El fondo también reúne la documentación aportada como prueba por cada una de las partes. Se destacan los "cuadernos de la defensa" de Ramón Orlando Agosti, Leopoldo Fortunato Galtieri, Armando Lambruschini, Emilio Eduardo Massera, Jorge Rafael Videla y Roberto Eduardo Viola; así como las Directivas, Planes y Reglamentos de las tres Fuerzas Armadas. También hay copia de los expedientes del Consejo de Guerra Especial Estable. A su vez, pueden encontrarse la documentación traducida del idioma inglés aportada como cuaderno de prueba de la Fiscalía, documentación y reclamos gestionados a través de la Cancillería argentina vinculados a denuncias realizadas en el exterior y copia de la documentación aportada por los testigos.
Por su parte, pueden encontrarse copias de las denuncias vinculadas a desapariciones forzadas de personas recibidas por el Ministerio de Defensa durante el periodo de la dictadura, distintas denuncias de privación ilegítima de la libertad recibidas ante la justicia de las provincias de Entre Ríos, Mendoza y Santa Fe y copia de todos los habeas corpus presentados durante el juicio.

La Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas (CONADEP) fue creada por el presidente Raúl Alfonsín a través del decreto Nº 187 del 15 de diciembre de 1983. Contra la propuesta esbozada por la mayoría de los organismos de derechos humanos, que reclamaban la creación de una Comisión bicameral para la investigación de los crímenes de la última dictadura (1976-1983), el titular del Poder Ejecutivo optó por una Comisión de “notables” compuesta por personalidades destacadas de la vida política, cultural y religiosa argentina, presidida por el escritor Ernesto Sábato. Sus otros integrantes fueron Magadalena Ruiz Guiñazú, Ricardo Colombres, René Favaloro –quien renunció poco después–, Hilario Fernández Long, Carlos Gattinoni, Gregorio Klimovsky, Marshall Meyer, Mons. Jaime F. de Nevares, Eduardo Rabossi, Santiago López, Hugo Piucill, Horacio Huarte, Graciela Fernández Meijide, Daniel Salvador, Raúl Aragón, Alberto Mansur y Leopoldo Silgueira.
El objetivo de la CONADEP, que inicialmente funcionaría por seis meses, era recibir denuncias y pruebas sobre los secuestros y desapariciones perpetrados durante la dictadura para remitirlas a la Justicia, investigar cuál había sido el destino de los desaparecidos y desaparecidas y determinar el paradero de los niños y niñas apropiados en el marco del terrorismo de Estado. Además, debía denunciar cualquier intento de las Fuerzas Armadas o las Fuerzas de Seguridad por destruir evidencia de los crímenes de la represión. Todos los datos recabados durante las labores investigativas serían recopilados en un informe final que se pondría en manos del presidente de la Nación. La entrega se efectivizó el 20 de septiembre de 1984, luego de extenderse por tres meses el plazo establecido originalmente para el funcionamiento de la CONADEP, en un acto que tuvo lugar en la casa de gobierno. Dos meses después, el informe fue publicado bajo el título Nunca más por la editorial universitaria EUDEBA, convirtiéndose en un éxito de ventas.
Las tareas de la Comisión se desarrollaron en un clima cargado de tensión por la reticencia de los integrantes de la Fuerzas Armadas y de las Fuerzas de Seguridad a que se llevara adelante una revisión de su actividad represiva durante los años de dictadura. A pesar de ello, y de las dificultades que planteaba la recopilación de información en las zonas alejadas de los grandes centros urbanos, la CONADEP logró registrar 8.960 casos de desaparición forzada y comprobar, a través de inspecciones oculares con sobrevivientes, la existencia de unos 340 centros clandestinos de detención, la mayoría ubicados en dependencias policiales y militares todavía en funcionamiento.
La información recopilada por la Comisión dejó en evidencia que, lejos de constituir “excesos” aislados, los secuestros, las torturas, las desapariciones y los asesinatos habían formado parte de un plan sistemático organizado desde las más altas jerarquías de las Fuerzas Armadas. Esta constatación fue clave para lograr la condena de los integrantes de las tres primeras Juntas Militares en el denominado Juicio a las Juntas, realizado entre abril y diciembre de 1985. La importante circulación pública del Nunca más, por otra parte, fue central para la conformación de una primera memoria pública sobre los crímenes de la dictadura argentina.
El subfondo CONADEP, perteneciente al Fondo Secretaría de Derechos Humanos de la Nación dado el traspaso de funciones a este organismo el cual continuó gestionando, interviniendo y modificando los documentos, se compone de distinto tipo de documentación que refleja la actividad realizada por la Comisión en el marco de sus labores investigativas. Incluye, en primer lugar, los legajos constituidos a partir de formularios que recogían las denuncias de familiares, sobrevivientes o testigos ocasionales de acciones represivas. Estos formularios incorporaban información diversa como ser el nombre y apellido de la víctima, su fecha de nacimiento, documento de identidad, profesión o trabajo, lugar de estudio o trabajo, domicilio, estado civil, número de hijos y edad; fecha, hora y lugar del secuestro, descripción del hecho, mención a testigos si los hubiese y de los posibles responsables; las gestiones realizadas por los familiares y allegados de las víctimas, las respuestas obtenidas ante esos requerimientos y los datos del denunciante. Este subfondo reúne además, más de dos mil fotografías tomadas por el fotógrafo Enrique Shore durante las inspecciones oculares en los centros clandestinos de detención (CCD) así como las actas elaboradas a partir de esas inspecciones junto a un vasto relevamiento documental hecho por la Comisión sobre los CCD. Por otra parte, el fondo contiene también las actas de las reuniones que realizó la CONADEP en el transcurso de su investigación así como las del Comité Ejecutivo, instituido el 29 de diciembre de 1983 dada la necesidad de funcionar ejecutivamente con un grupo más reducido de sus miembros. La correspondencia nacional e internacional de la Comisión también forma parte de este subfondo dando cuenta de los intercambios con organismos estatales y de la sociedad civil tanto de Argentina como de otros países.
Asimismo, se encuentran las elevaciones de denuncias a la Justicia, unos 25.000 habeas corpus que fueron elevados al Poder Judicial para determinar el paradero de personas desaparecidas entre 1975 y 1983, las respuestas de hospitales de salud mental y cementerios con listados de pacientes de hospitales y de entierros sucedidos en los cementerios entre 1976 y 1983. Hay además numerosos relevameintos documentales de dos organismos internacionales que elaboró diferentes listados e investigaciones sobre casos de violaciones a los derechos humanos por parte de la dictadura cívico militar. Tanto la Organización de las Naciones Unidas (ONU) como la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) de la Organización de los Estados Americanos (OEA) reopiló y transfirió la documentación vinculada a estos hechos y, en el caso de la CIDH, aquellos informes de las observaciones in-loco que realizara en 1979, en plena dictadura, y que permitieran dar apoyo internacional a las denuncias que venían realizando los organismos de derechos humanos en el país.
Desde su creación y hasta el presente, el fondo de la CONADEP desarrolla un rol central en el proceso de Memoria, Verdad y Justicia, ya sea como evidencia en los juicios por los crímenes de lesa humanidad, como fuente de consulta para los ascensos de personal de las Fuerzas Armadas y las Fuerzas de Seguridad, como insumo para producciones de distinta índole orientadas a la transmisión de la memoria de los crímenes dictatoriales y para la investigación científica sobre el pasado reciente argentino.