Durante la última dictadura cívico-militar, la Prefectura Naval dependía de la Armada Argentina. En particular, la Prefectura de Zona Mar Argentino Norte tiene su sede en Bahía Blanca y la extensión de su jurisdicción comprende las costas y el mar Argentino en las provincias de Buenos Aires (excepto zona norte), Río Negro y Chubut (parte norte). Incluye las prefecturas de Mar del Plata, Bahía Blanca, Patagones, Quequén (todas en la Provincia de Buenos Aires), Puerto Madryn, Rawson, San Antonio Oeste, Punta Colorada.
Las fechas extremas de los documentos comprenden los años de 1957 a 1994. Pueden encontrarse copias digitales de circulares, informes de inteligencia, comunicaciones producidas por diferentes dependencias de la Armada y la Prefectura, así como informes de seguimiento y ambientales a diferentes organizaciones políticas y sindicales tales como Allfish S.A. Proyecto Integral Pesquero, Asociación Argentina de Telegrafistas y afines Luz y Fuerza, Asociación Personal Junta Nacional de Granos, C.G.T. 62 Organizaciones, C.O.P.E.L. Cooperativa y Sociedad, F.O.E.T.R.A., Ferro-Portuarios, La Fraternidad, S.O.I.P., S.U.P.A. Sindicato Empleados Portuarios, Sindicato de Trabajadores Correos y telecomunicaciones, Sindicato Electricistas Navales -Conductores y Maquinistas Fusionados de la R.A., U.R.G.A., Unión Ferroviaria, Unión Obrera Metalúrgica.
Asimismo, copias digitales de informes, resoluciones, oficios y memoradums con diferentes clasificaciones de seguridad de la Armada Argentina del año 1975. La memoria anual años 1974-1975 de la Prefectura Zona Atlántico, la memoria anual del año 1973 de la Prefectura de Ushuaia e Islas del Atlántico Sur. Una Orden de Operaciones 1/74 – PADAOP. Documentación vinculada a la Delegación Inteligencia de Mar del Plata de los años 1957 a 1991. Y un Anteproyecto de Ley de Organización Operativa Portuaria.

El fondo reúne distintos tipos de documentos producidos y recopilados por Osvaldo Bayer de los archivos provinciales, policiales y bibliotecas de la provincia de Santa Cruz durante la investigación que realizó para su libro La Patagonia Rebelde. Este libro histórico-testimonial de no-ficción escrito por el periodista, historiador y escritor argentino Osvaldo Bayer y dividido en cuatro tomos publicados entre 1972 y 1974, relata los hechos de la denominada "Patagonia rebelde" o "Patagonia trágica" que comenzó como una huelga de peones patagónicos contra la explotación de los patrones de esa región, que en muchos casos eran ingleses. Esta fue luego reprimida por el ejército al mando del teniente Héctor Benigno Varela, enviado por el entonces presidente Hipólito Yrigoyen.​ A su término, 1.500 obreros habían sido fusilados. La masacre ocurrió durante el año 1921. Los tres primeros tomos fueron editados en Argentina en los años mencionados, y el cuarto fue editado en Alemania Federal en 1978. El hecho de que la última parte tuviera que ser publicada en el extranjero se debe a que tanto el autor como el editor debieron exiliarse durante la última dictadura cívico militar. Entre los documentos que forman parte de este fondo se encuentran reproducciones fotográficas de manuscritos del autor en cuadernos, cerca de 450 copias digitales de fotografías en diferentes soportes como placas de vidrio, copias papel y acetatos, diarios anarquistas, registros de la policía, artículos de prensa y fotos de objetos usados para la investigación. Se incluye también un mapa con las estancias de Río Gallegos.

La colección reúne documentos que registran la violencia estatal ejercida en el Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA) entre los años 1974 y 1984. El INTA es un organismo estatal, descentralizado y con autarquía financiera dedicado a la investigación y desarrollo agro-tecnológico que se vio profundamente afectado por la dictadura cívico-militar. En 1974 comenzaron los primeros despidos de trabajadores y trabajadoras y esto se profundizó una vez dado el golpe de Estado. Cientos de trabajadores en ese período fueron cesanteados, perseguidos, detenidos, torturados, asesinados o desaparecidos. En 1980 se dicta la ley 22.294 que, al tiempo que limita sus funciones a la investigación básica, deroga la contribución del 1,5% sobre los productos y subproductos de la agricultura y ganadería que se exporten, con lo cual el INTA perdió su autonomía financiera, situación que fue enmendada en 1984 con la ley 23.058.
Entre los documentos de esta colección, podemos encontrar actas y resoluciones del Consejo Directivo del INTA, información del personal entre los años de referencia, documentación de la Dirección de Inteligencia de la Policía de la Provincia de Buenos Aires (DIPPBA) referida al INTA, una copia de la Ley Nacional 23.058/84 que restituye la autarquía al organismo y artículos de periodísticos sobre la Ley Agraria.

Esta colección reúne copias de los procesos instruidos a personas, mediante Consejo de Guerra del Tribunal Militar del Tercer Cuerpo de Ejército, por los acontecimientos del Cordobazo.
El 30 de mayo de 1969, durante la dictadura del general Juan Carlos Onganía, las dos centrales sindicales, la “CGT de los Argentinos” y la “CGT Azopardo”, decretaron un paro general de 24 horas en repudio a la política económica de la autodenominada “Revolución Argentina”. En Córdoba, sus respectivas regionales adelantaron la protesta al 29 de mayo de 1969 por conflictos específicos regionales. Los gremios más activos en el paro fueron el Sindicato de Mecánicos y Afines del Transporte Automotor (SMATA), Luz y Fuerza, la Unión Tranviarios Automotor (UTA) y la Unión Obrera Metalúrgica (UOM). También adhirió a la medida el movimiento estudiantil, en solidaridad con sus homólogos de otros puntos del país, duramente reprimidos en las jornadas previas.
La protesta, que comenzó con el abandono de los puestos de trabajo por la mañana, se transformó en una revuelta urbana luego de la muerte de un manifestante a manos de la policía provincial. Se armaron barricadas y fogatas, se destrozaron oficinas de empresas trasnacionales y negocios locales, se quemaron autos y se saqueó el Club de Suboficiales. Los manifestantes contaron con la solidaridad del resto de los habitantes de la ciudad, quienes les facilitaron alimentos y materiales para las barricadas. Por la tarde, las columnas sindicales se retiraron y el foco principal se trasladó al barrio Clínicas, epicentro del movimiento estudiantil, donde francotiradores en los techos de los edificios hicieron frente a la policía. La intervención del Ejército, iniciada en la tarde y continuada en la noche del 29 de mayo de 1969, permitió a la dictadura retomar el control de la situación.
Durante el transcurso del 30 de mayo, se allanaron sindicatos y fueron detenidos los principales dirigentes que habían convocado a la huelga y la movilización. Hubo algunas marchas en el centro y se mantuvo el conflicto en los barrios estudiantiles, aunque con menor intensidad. El 31 de mayo, el levantamiento ya había sido controlado. Aunque no hay cálculos oficiales, se estima que durante la revuelta hubo alrededor de 20 muertos y más de 300 heridos. Las consecuencias políticas inmediatas del “Cordobazo”, como se conoció a este levantamiento popular, fueron la intervención de la provincia y la renuncia del gabinete nacional.