El fondo se compone de la documentación producida en el marco de la causa N° 2522 (Lex. 14216/2003/TO9) "Rodríguez, Hubo Roberto y otros s/privación ilegal de la libertad, agravada por mediar violencia o amenazas; en concurso ideal con el delito de imposición de tormentos" conocida como Vesubio III, tramitada ante el Tribunal Oral en lo Criminal Federal N° 4 (TOF 4). En particular, contiene los audios de las audiencias y la documentación aportada como prueba. Entre la documentación de prueba, se encuentran:

• libros históricos de distintas unidades militares, juntas de calificaciones, directivas y reglamentos militares, copias de legajos de personal militar, boletines, listados de personal militar, policial y penitenciarios.
• planos e inspecciones oculares
• expedientes judiciales anexados a la causa
• legajos de identificación de la Cámara Federal
• constancia de pericias antropológicas y certificados de defunción
• documentación de la Dirección de Inteligencia de la Policía de la Provincia de Buenos Aires e informes de la Comisión Provincial por la Memoria
• documentación aportada por el CELS que incluye artículos periodísticos, la declaración de Elena Alfaro, lista de trabajadores desaparecidos y documentos desclasificados del gobierno de Estados Unidos
• copias de legajos CONADEP, SDH y REDEFEA y habeas corpus presentados para la búsqueda de paradero de las víctimas involucradas
• Libros titulados "Subteniente de Caballería JCO 1977", "Derechos Humanos, Justicia y Reparación", "Vida y lucha de Vanguardia Comunista", "Genocidio en la Argentina" e "Historia Argentina contemporánea"

El Centro Clandestino de Detención El Vesubio funcionó entre 1975 y 1979 en un predio del Servicio Penitenciario Federal ubicado en el cruce de Autopista Ricchieri y Camino de Cintura en el partido de La Matanza, Provincia de Buenos Aires. Hasta su disolución y demolición completa a raíz de la inspección de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), habían pasado más de 2.500 personas de las que hubo unos pocos sobrevivientes. Este tramo del juicio analiza la responsabilidad de seis agentes del Servicio Penitenciario Federal en los crímenes perpetrados contra casi 400 víctimas. Por esta causa en las que se investigaron crímenes cometidos contra casi 400 víctimas, el Tribunal condenó a un exmilitar y a dos exagentes penitenciarios federales a prisión perpetua, e impuso penas de entre tres años y seis meses de prisión y 15 años de prisión para otros cinco acusados. A su vez, el TOF 4 declaró que los hechos juzgados fueron crímenes contra la humanidad y que la violencia sexual perpetrada contra mujeres "fue específica, sistemática y planificada" y que "partió de estereotipos de género y los profundizó, exhibiendo un carácter extendido y con un claro objetivo disciplinador". También dispuso la reparación de los legajos de las víctimas estudiantes y trabajadoras para que se consigne que fueron víctimas del terrorismo de Estado.

La colección contiene documentos relacionados con la Masacre de Pasco, es decir, relativos al secuestro, asesinato y dinamitación de los cuerpos de ocho militantes de la Juventud Peronista el 21 de marzo de 1975 por parte de agentes de la Triple A; hecho sucedido en el marco de un conflicto político transcurrido entre el 25 de julio de 1973 y el 12 de diciembre de 1975 vinculados a la destitución del Intendente de Lomas de Zamora de la Provincia de Buenos Aires Ricardo Ortiz, la asunción y destitución de Pedro Pablo Turner y la asunción como intendente de Eduardo Alberto Duhalde. Pedro Pablo Turner fue detenido en la provincia de Chaco el 29 de marzo de 1976 y unos días después su cuerpo fue hallado en Avellaneda (Provincia de Buenos Aires). En particular, la colección se compone de una carpeta titulada "Acontecimientos" con fotos y recortes de prensa organizados mensualmente de enero a mayo de 1974, una declaración testimonial del hermano y del hijo de Pablo Turner, la copia del Expediente 49025 de sucesión correspondiente al Juzgado de Primera Instancia Nº 9 en lo Civil y Comercial de la Provincia de Buenos Aires Año de fecha 23 de octubre de 1996, un telegrama escrito por Pedro Pablo Turner del 9 de agosto de 1974 dirigido al delegado de la CGT Valsechi denunciando injerencia gremial en relación a su suspensión como intendente, 13 fotografías, 74 páginas de recortes periodísticos y ejemplares del diario La Voz del Pueblo de diciembre de 1973 y mayo de 1974, suplemento de Evita Inmortal de La Razón del 17 de noviembre de 1974, diario Crónica del 18 de noviembre de 1972, diario La Opinión del 4 de julio de 1975, diario La Prensa del 5 de julio de 1975, diario Crónica del 1 de agosto de 1974,diario noticias del 5 de julio de 1974, parte del diario La Opinión del 28 de junio de 1975 y diario Así del 5 de julio de 1975.

Abarcando los años 1966-2010, la gran mayoría de la documentación refiere a los periodos comprendidos entre 1968-1973 y entre 1979-1984. La colección está organizada en tres agrupamientos. Por un lado, publicaciones y recortes periodísticos (el de mayor volumen), que contiene tanto publicaciones periodísticas y científicas, así como de las prensas de diversas agrupaciones gremiales o estudiantiles; a su vez, boletines emitidos por el departamento de prensa de la Universidad a lo largo de diferentes periodos, y recortes periodísticos de medios nacionales, locales y regionales que reflejan las actividades de la universidad, así como los diversos avatares tras el cierre. Existen recortes que si bien no hacen foco en la Universidad, refieren al sistema educativo o al ámbito universitario, y fueron incluidos en la selección.
Por otro lado, aquellos documentos vinculados con procesos históricos de la Universidad, como relatos y testimonios de las diferentes etapas históricas que atravesó el establecimiento, mayormente material administrativo, interno o de difusión, perteneciente a las diferentes organizaciones que operaron, ya sea en favor de la creación, para evitar el cierre o para lograr la reapertura de la universidad. Existe material perteneciente a la Comisión pro universidad, a la comunidad académica de la Universidad (denominación que tomó la asamblea que se mantuvo en movilización permanente desde el anuncio del cierre) y al grupo de docentes que se organizó en busca de la reapertura. También están incluidos dentro de esta serie diversos materiales gráficos.
Por último, la documentación institucional de la Universidad, centrada en cuestiones administrativas y de gobierno, ya sea esta de producción interna o de parte de los organismos estatales. Esto incluye tanto documentos creados con fines educativos (como pueden ser fichas o documentos de cátedra), o que sean un reflejo de la actividad educativa (como por ejemplo las planillas de calificación y asistencia). Hay también encuestas a alumnos que fueron realizadas luego del cierre con el objeto de cuantificar los daños y complicaciones que esto provocaba a los alumnos y a las comunidades de su zona de influencia.
También hay fotografías de Emilio Fermín Mignone, quien fuera vicepresidente de la Asamblea Permanente por los Derechos Humanos de Buenos Aires y fundador del Centro de Estudios Legales y Sociales, ya que fue rector en la Universidad Nacional de Luján. Desde 1973, recibió y dio trabajo a profesores chilenos perseguidos por la dictadura pinochetista. Durante la dictadura, Mignone fue obligado a renunciar de su cargo y secuestraron a su hija Mónica, quien aún hoy permanece desaparecida.

El fondo se compone de la copia de la documentación producida en el marco de la causa Nº 14216/03 caratulada "Suarez Mason Carlos Guillermo y otros sobre privación ilegal de la libertad" conocida como "Primer Cuerpo del Ejército" tramitada ante el Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal Nº 3, Secretaría Nº 6. En particular, contiene los cuerpos de la causa y la documentación aportada como prueba. Además contiene copias de causas conexas, tanto los cuerpos como documentación de prueba. Entre ellas, causas Nº 00393/2001 “N.N s/privación ilegítima de la libertad”, Nº 02083-2005 “Viollaz Miguel Alcides y Mercado”, Nº 02637-2004 “Vaello Orestes y otros s-PIL - CCD Automotores Orletti”, Nº 03774-2012 “Compañía Mecanizada 10 de Pablo Podestá”, Nº 03993-2007 “Cuatrerismo”, Nº 05530-2012 “N.N. Quinta La Pastoril”, Nº 07273-2006 - Mansión Seré”, Nº 08238-2014 “Ruiz Juan Carlos”, Nº 08405-2010-T01 “D’Alessandri Obdulio y otros – PIL”, Nº 10684-2015 “Operativo calle Corro 105”, Nº 11657-2006 “N.N. S/ delito de acción pública”, Nº 11758-2006 “Bignone Reynaldo y otros”, Nº 12544-2013 “Sheraton”, Nº 12920-2016 “Pais, Alicia Rosalía”, Nº 13841-2015 “Causa CELS”, Nº 29451-2012 “Gordillo Roberto Edgardo” y Nº 42335 “Bis Rodríguez Larreta Enrique”.
La causa comprende la investigación de los hechos que se atribuyen a personal dependiente del Primer Cuerpo del Ejército o sometido operacionalmente a él, ocurridos en el ámbito de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, de gran parte de la provincia de Buenos Aires y de la provincia de La Pampa, y que no fueron incluidos en la causa N° 44 incoada en virtud del decreto 280/84 del Poder Ejecutivo Nacional. La causa 14216/03 tiene su origen en la causa Nº 450 “Suarez Mason, Carlos Guillermo y otros s/ homicidio, privación de la libertad, etc.” tramitada ante la Cámara Federal de Apelaciones de la Capital Federal, como continuación de las actuaciones iniciadas en el marco del Código de Justicia Militar. La sanción de las leyes de “obediencia debida” y “punto final” implicó la paralización del trámite de las actuaciones y la suspensión del proceso, entre 1987 y 2003, con relación a aquellas personas que se encontraban legitimadas pasivamente en las mismas. La causa fue reabierta en septiembre de 2003 como consecuencia de la sanción de la ley 25.779, que declaró nulas dichas leyes. Desde el momento de la reapertura de las actuaciones, el Juzgado dispuso hasta el momento el procesamiento 100 implicados pertenecientes al Ejército Argentino y a diversas fuerzas de seguridad, incluyendo al Servicio Penitenciario Federal, Gendarmería Nacional, Policía Federal y Secretaría de Inteligencia del Estado.

El fondo se compone de la documentación producida en el marco de la causa Nº 9243/07 caratulada "Nicolaides Cristrino y otros s/sustracción de menores tramitada ante el Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal Nº 7, Secretaría Nº 13. En particular, contiene los cuerpos de la causa y la documentación aportada como prueba. Según lo estipulado en el decreto del 31 de marzo de 2022 del Juez a cargo, la causa tiene como objeto "investigar la sustracción de niñas y niños que nacieron durante el cautiverio de sus madres o fueron secuestrados junto con ellas, en el marco de un plan desarrollado por los comandantes de las Fuerzas Armadas, durante la implementación del sistema clandestino de represión ejecutado en el país por la dictadura militar que usurpó el poder en el año 1976 y los hechos vinculados a tal práctica sistemática. Al respecto, gracias al caudal probatorio reunido se lograron tres elevaciones a juicio oral y se condenó a los autores materiales".
Entre la documentación de prueba, se encuentra:

• Copias certificadas de causas judiciales de distintos Juzgados y Tribunales Federales.
• Copias del Boletín Oficial de la provincia de Tucumán del 22 de febrero de 1984 y copia de la versión taquigráfica de la VI Reunión de la Sesión Especial de la Cámara de Diputados de Tucumán del 28 de mayo de 1985.
• Artículos periodísticos sobre los casos vinculados a la causa.
• Libros de registro de nacimiento del Hospital Militar de Campo de Mayo
• Libros de registros de maternidades/nacimientos del Hospital General 601 (HMC).
• Historias Clínicas del Hospital Militar de Campo de Mayo
• Copias de legajos de personal militar y policial
• Copias de libros de bautismo de la Parroquia Castrense Nuestra Señora del Loreto
• Libro “La política racial nacionalsocialista” de Walter Darré
• Copia de reglamentos militares
• Libro de registro de personas detenidas de la Brigada Femenina de San Martín