A través del Decreto 158 del 15 de diciembre de 1983, el gobierno de Raúl Alfonsín ordenó la realización de un juicio sumario a los integrantes de las Juntas Militares que estuvieron en el poder desde el 24 de marzo de 1976 hasta la guerra de Malvinas. Tras derogar la “Ley de autoamnistía” sancionada hacia el final de la dictadura, el 28 de diciembre de 1983 el gobierno comunicó al Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas que debía iniciar la instrucción y el juicio sumario de la que más tarde sería conocida como “Causa 13”.
Apoyándose en la ley 23.049/84 de reforma de del Código de Justicia Militar, y ante las demoras del Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas para juzgar a sus pares, el 4 de octubre de 1984 la Cámara Federal desplazó al tribunal castrense y por avocación continuó con la investigación.
No obstante a cargo de la justicia penal, el proceso judicial se realizó bajo los procedimientos del Código de Justicia Militar, que imponía el juicio sumario, oral y público. Por decisión de la Cámara Nacional de Apelaciones, el canal estatal de televisión, Argentina Televisora Color (ATC), registró íntegramente el desarrollo del juicio.
Entre el 22 de abril y el 14 de agosto de 1985 tuvieron lugar las audiencias orales del juicio en las que prestaron declaración testimonial 833 personas citadas por las defensas y por el Ministerio Público. Entre agosto y septiembre se dio lectura a la acusación presentada por la Fiscalía y entre los meses de octubre y noviembre tuvieron lugar los alegatos de las defensas de los ex comandantes. El 9 de diciembre de 1985, la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal dictó sentencia fundada en el análisis de 709 casos presentados. Jorge Rafael Videla y Emilio Eduardo Massera fueron condenados a reclusión perpetua; Roberto Eduardo Viola a 17 años de prisión; Armando Lambruschini a ocho años y Orlando Ramón Agosti a cuatro años y seis meses. Omar Domingo Rubens Graffigna, Basilio Arturo Lami Dozo, Leopoldo Fortunato Galtieri y Jorge Isaac Anaya fueron absueltos.
El fondo comprende la totalidad de las audiencias orales (530 horas) producidas en el marco del proceso judicial conocido como Juicio a las Juntas Militares, en el que se juzgó a los nueve miembros de las tres primeras Juntas Militares como responsables por las graves violaciones a los derechos humanos ocurridas en Argentina durante la dictadura cívico-militar durante los años 1976 y 1983. Como material complementario fueron digitalizadas las actas mecanografiadas del juicio.
Asimismo, contiene copia digital de los 185 cuerpos de la Causa13/84 caratulada 'causa originariamente instruida por el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas en cumplimiento del decreto 158/83 del Poder Ejecutivo Nacional'. Así como copia de las actas mecanografiadas de las manifestaciones vertidas por el Tribunal, las partes y testigos en el transcurso de la audiencia.
El fondo también reúne la documentación aportada como prueba por cada una de las partes. Se destacan los "cuadernos de la defensa" de Ramón Orlando Agosti, Leopoldo Fortunato Galtieri, Armando Lambruschini, Emilio Eduardo Massera, Jorge Rafael Videla y Roberto Eduardo Viola; así como las Directivas, Planes y Reglamentos de las tres Fuerzas Armadas. También hay copia de los expedientes del Consejo de Guerra Especial Estable. A su vez, pueden encontrarse la documentación traducida del idioma inglés aportada como cuaderno de prueba de la Fiscalía, documentación y reclamos gestionados a través de la Cancillería argentina vinculados a denuncias realizadas en el exterior y copia de la documentación aportada por los testigos.
Por su parte, pueden encontrarse copias de las denuncias vinculadas a desapariciones forzadas de personas recibidas por el Ministerio de Defensa durante el periodo de la dictadura, distintas denuncias de privación ilegítima de la libertad recibidas ante la justicia de las provincias de Entre Ríos, Mendoza y Santa Fe y copia de todos los habeas corpus presentados durante el juicio.

Registros del procedimiento de reconocimiento del lugar donde funcionó el Centro Clandestino de Detención La Cacha, también denominado "El Casco". El recorrido se lleva a cabo junto a las sobrevivientes María Elvira Luis, Nelva Méndez de Falcone y Ana María Caracoche de Gatica. Se identifican numerosos elementos pertenecientes al CCD a pesar de la demolición de la construcción original.

Registros del procedimiento de reconocimiento del lugar donde funcionó el Centro Clandestino de Detención Puesto Vasco. Dentro del agrupamiento documental constan dos actas que dan cuenta de la declaración tomada a vecinos en el marco de la inspección, y un acta de reconocimiento de fotografías del testigo Jacobo Timerman –quien fue citado por la CONADEP con posterioridad al procedimiento in situ–, quien identificó diferentes sectores y elementos pertenecientes al CCD, así como las modificaciones que se realizaron sobre el lugar. Obran 8 copias de fotografías, aunque falta la foto número 6. No se encuentra el acta del reconocimiento del Centro Clandestino Puesto Vasco que tuvo lugar el 9 de febrero de 1984. Se trata de copias certificadas por Alberto Mansur.

Registros del procedimiento de reconocimiento del lugar donde funcionó el Centro Clandestino de Detención Brigada de Investigaciones de San Nicolás. En el mismo consta el recorrido realizado junto a un sobreviviente, quien identificó los sectores pertenecientes al CCD. Consta también un croquis del lugar.

Registros del procedimiento de reconocimiento de los lugares donde funcionaron los Centros Clandestinos de Detención Comisaría 7 de Godoy Cruz; Departamento de Informaciones de la Policía de Mendoza (D-2); Compañía de Comunicaciones de Montaña 8; Liceo Militar "Gral. Espejo" y Unidad Penal de Mendoza. Dentro de la documentación, consta el acta del recorrido realizado por la CONADEP junto a sobrevivientes y testigos, quienes identificaron numerosos elementos y lugares pertenecientes a los CCD. Se encuentra, asimismo, un acta en la cual se registra el retiro de un ejemplar del libro "Las venas abiertas de América Latina" con una dedicatoria firmada por uno de los sobrevivientes, que fue reconocido por él durante el procedimiento en el Departamento de Informaciones de la Policía de Mendoza (D-2). También se halla el acta de procedimiento en el Destacamento de Exploración de Caballería Blindada 161 "Libertador Simón Bolívar", ubicado en "Campo los Andes", que no pudo ser reconocido por las víctimas; y un croquis sobre el Centro Clandestino de Detención Departamento de Informaciones de la Policía de Mendoza (D-2). Por motivos de conservación, fueron separadas de las actas 25 fotografías en blanco y negro, las cuales se hallan en guarda, junto con otros registros fotográficos, en la serie AR-ANM-SDH-CONADEP-02 Registros fotográficos de reconocimiento de Centros Clandestinos de Detención.

Registros del procedimiento de reconocimiento del lugar donde funcionó el Centro Clandestino de Detención Batallón de Comunicaciones 121 de Rosario, provincia de Santa Fe. Se encuentra el acta del recorrido realizado por miembros de la CONADEP y de su delegación Santa Fe junto a cuatro testigos –dos mujeres y dos varones, quienes decidieron no ser identificados–. También formó parte el jefe de la unidad, Teniente Coronel Carlos Alberto Settel. La inspección puntualizó en sectores de la unidad militar como el alojamiento de suboficiales y la enfermería.

Registros del procedimiento de reconocimiento del lugar donde funcionó el Centro Clandestino de Detención Olimpo. En el mismo consta el recorrido realizado por miembros de la CONADEP junto al testigo Enrique Carlos Ghezan. Se identificaron diferentes sectores y elementos pertenecientes al CCD, así como las modificaciones que se realizaron sobre el lugar. Se trata de una copia fiel del acta original, certificada por el Secretario de Asuntos Legales de la CONADEP, Alberto Mansur. Forman parte de este documento diferentes croquis –algunos con anotaciones manuscritas– y 88 copias de fotografías del lugar –algunas con descripciones–. La serie AR-ANM-SDH-CONADEP-02 Registros fotográficos de reconocimiento de Centros Clandestinos de Detención (CCD) contiene más fotografías de las que se encuentran en el acta de procedimiento.

Registros del procedimiento de reconocimiento del lugar donde funcionó el Centro Clandestino de Detención El Banco. En el mismo consta el recorrido realizado por miembros de la CONADEP junto a los sobrevivientes Miguel Ángel Benítez, Nora Beatriz Bernal, Norma Teresa Leto, Susana Leonor Caride, Jorge Casalli Urrutia, Isabel Fernández Blanco de Ghezan, Enrique Carlos Ghezan y Elsa Lombardo. Se identificaron diferentes sectores y elementos pertenecientes al CCD, así como las modificaciones que se realizaron sobre el lugar. La inspección se llevó a cabo entre las 11 y las 14 horas. Forman parte de este documento el acta del procedimiento realizado con el testigo Enrique Carlos Ghezan; diferentes croquis con la ubicación geográfica y el plano del centro clandestino –algunos con anotaciones manuscritas–; un testimonio de Graciela Fernández Meijide sobre la inspección ocular realizada; y 134 copias de fotografías del lugar. Todas estas copias están certificadas por el Secretario de Asuntos Legales de la CONADEP, Alberto Mansur. La serie AR-ANM-SDH-CONADEP-02 Registros fotográficos de reconocimiento de Centros Clandestinos de Detención (CCD) contiene más fotografías de las que se encuentran en las actas del procedimiento.

Registros del procedimiento de reconocimiento de la zona conocida como "Lomas de Torito", dentro de la Guarnición Militar Córdoba, donde el testigo José Julián Solanille señaló haber visto una fosa con restos humanos. Entre los registros se encuentran la solicitud enviada por Carlos T. Gattinoni al Juez Becerra Ferrer para la realización del reconocimiento "in situ"; actas de las inspecciones oculares realizadas en dicho lugar el 27 de febrero y el 1 de marzo de 1984 (19 horas) por integrantes de la CONADEP, junto a personal del Juzgado Federal de Primera Instancia de Córdoba Número 2 y el testigo Solanille; 3 fotografías tomadas durante la inspección; el acta de las excavaciones realizadas el 22 de marzo (a las 12:20 horas) en presencia del Juez Militar Timoteo Gordillo, personal del Juzgado Federal de Primera Instancia de Córdoba Número 2, el General de Brigada Pedro Pablo Mansilla, integrantes de la CONADEP y de la Delegación Córdoba de dicha comisión, y el testigo Solanille; y, finalmente, un acta labrada por personal del Escuadrón de Exploración de Caballería Aerotransportado 4 con fecha 27 de febrero de 1984 (a las 18 horas). La serie AR-ANM-SDH-CONADEP-02 Registros fotográficos de reconocimiento de Centros Clandestinos de Detención (CCD) contiene más fotografías de las que se encuentran en este documento.