A través del Decreto 158 del 15 de diciembre de 1983, el gobierno de Raúl Alfonsín ordenó la realización de un juicio sumario a los integrantes de las Juntas Militares que estuvieron en el poder desde el 24 de marzo de 1976 hasta la guerra de Malvinas. Tras derogar la “Ley de autoamnistía” sancionada hacia el final de la dictadura, el 28 de diciembre de 1983 el gobierno comunicó al Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas que debía iniciar la instrucción y el juicio sumario de la que más tarde sería conocida como “Causa 13”.
Apoyándose en la ley 23.049/84 de reforma de del Código de Justicia Militar, y ante las demoras del Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas para juzgar a sus pares, el 4 de octubre de 1984 la Cámara Federal desplazó al tribunal castrense y por avocación continuó con la investigación.
No obstante a cargo de la justicia penal, el proceso judicial se realizó bajo los procedimientos del Código de Justicia Militar, que imponía el juicio sumario, oral y público. Por decisión de la Cámara Nacional de Apelaciones, el canal estatal de televisión, Argentina Televisora Color (ATC), registró íntegramente el desarrollo del juicio.
Entre el 22 de abril y el 14 de agosto de 1985 tuvieron lugar las audiencias orales del juicio en las que prestaron declaración testimonial 833 personas citadas por las defensas y por el Ministerio Público. Entre agosto y septiembre se dio lectura a la acusación presentada por la Fiscalía y entre los meses de octubre y noviembre tuvieron lugar los alegatos de las defensas de los ex comandantes. El 9 de diciembre de 1985, la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal dictó sentencia fundada en el análisis de 709 casos presentados. Jorge Rafael Videla y Emilio Eduardo Massera fueron condenados a reclusión perpetua; Roberto Eduardo Viola a 17 años de prisión; Armando Lambruschini a ocho años y Orlando Ramón Agosti a cuatro años y seis meses. Omar Domingo Rubens Graffigna, Basilio Arturo Lami Dozo, Leopoldo Fortunato Galtieri y Jorge Isaac Anaya fueron absueltos.
El fondo comprende la totalidad de las audiencias orales (530 horas) producidas en el marco del proceso judicial conocido como Juicio a las Juntas Militares, en el que se juzgó a los nueve miembros de las tres primeras Juntas Militares como responsables por las graves violaciones a los derechos humanos ocurridas en Argentina durante la dictadura cívico-militar durante los años 1976 y 1983. Como material complementario fueron digitalizadas las actas mecanografiadas del juicio.
Asimismo, contiene copia digital de los 185 cuerpos de la Causa13/84 caratulada 'causa originariamente instruida por el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas en cumplimiento del decreto 158/83 del Poder Ejecutivo Nacional'. Así como copia de las actas mecanografiadas de las manifestaciones vertidas por el Tribunal, las partes y testigos en el transcurso de la audiencia.
El fondo también reúne la documentación aportada como prueba por cada una de las partes. Se destacan los "cuadernos de la defensa" de Ramón Orlando Agosti, Leopoldo Fortunato Galtieri, Armando Lambruschini, Emilio Eduardo Massera, Jorge Rafael Videla y Roberto Eduardo Viola; así como las Directivas, Planes y Reglamentos de las tres Fuerzas Armadas. También hay copia de los expedientes del Consejo de Guerra Especial Estable. A su vez, pueden encontrarse la documentación traducida del idioma inglés aportada como cuaderno de prueba de la Fiscalía, documentación y reclamos gestionados a través de la Cancillería argentina vinculados a denuncias realizadas en el exterior y copia de la documentación aportada por los testigos.
Por su parte, pueden encontrarse copias de las denuncias vinculadas a desapariciones forzadas de personas recibidas por el Ministerio de Defensa durante el periodo de la dictadura, distintas denuncias de privación ilegítima de la libertad recibidas ante la justicia de las provincias de Entre Ríos, Mendoza y Santa Fe y copia de todos los habeas corpus presentados durante el juicio.

La colección contiene copia de documentación producida por la Armada Argentina. Reúne legajos de oficiales y suboficiales y los siguientes listados: conscriptos del Batallón de Infantería de Marina N° 3, Oficiales destinados a la Escuela Politécnica Naval de 1975 a 1983, Oficiales del Liceo Naval Alte. Brown de 1975 a 1983, Oficiales del Centro de Incorporación y Formación de Conscriptos de Infantería de Marina de 1975 a 1983, Oficiales de la Escuela Naval Militar de 1975 a 1983, listado conscriptos Clase 54, Personal de Inteligencia que prestó servicio en el ex Servicio de Inteligencia Naval en el periodo de 1976 a 1983, listado de oficiales destinados de la Escuela Politécnica Naval del 1975 a 1983, Oficiales del Liceo Naval Alte. Brown de 1975 a 1983, Oficiales del Centro de Incorporación y Formación de Conscriptos de Infantería de Marina de 1975 a 1983, Oficiales de la Escuela Naval Militar de 1975 a 1983, Oficiales en actividad por destino de 1976 a 1983, Oficiales retirados por destino, Oficiales destinados en la ESMA de 1976 a 1979, Suboficiales destinados a la ESMA 1976 a 1979, Bajas de aspirantes a la ESMA por ausencia prolongada 1981 a 1983, Personal civil de Inteligencia de 1976 a 1983, Oficiales y suboficiales del Servicio de Inteligencia Naval del 1 de enero de 1975 a 31 de diciembre de 1983.
A su vez, historiales de los siguientes buques: Oceanográfico Goyena, Almirante Storni, Destructor Bouchard, Formosa, Cazaminas Chaco, Hidrográfica Petrel, Remolcador Diaguita, Transporte Bahía Thethis, Destructor Brown, Destructor Piedrabuena, Tanque Punta Médanos, Portaviones 25 de Mayo, King, Comandante General Zapiola, Espora, Buque Escuela Libertad, Puerto Deseado, Almirante Irizar, Murature, Torpedera Towwora, Rosales, Islas Orcadas, Rompehielos General San Martín, Aviso Thompson, Buque Desembarco Cándido de Lasala, Cabo San Antonio, Buque Tanque Punta Médanos.
Además, las memorias históricas del Batallón Seguridad de la BNPB (1973-1983), Primera Escuadrilla Aeronaval de Helicópteros (1973-1983), Batallón de Seguridad del COAR (1973-1983), Centro de Adiestramiento de la Fuerza Aeronaval Nº2 (1973-1983), Base Aeronaval Comandante Espora (1973-1983), Fuerza Aeronaval Nº1 (1973-1983), Escuadrilla Aeronaval Antisubmarina (1973-1983), Segunda Escuadrilla Aeronaval de Helicópteros (1973-1983), Base Aeronaval de Punta Indio (1973-1983), Fuerza Aeronaval Nº3 (1973-1983), Segunda Escuadrilla Aeronaval de Caza y Ataque (1973-1983), Batallón Seguridad de la Jefatura Militar del Comando Gral. de la Armada (1975), Escuela de Mecánica de la Armada (1976), Escuela de Mecánica de la Armada (1977), Escuela de Mecánica de la Armada (1978), Jefatura de Inteligencia y Servicio de Inteligencia Naval (1975), Jefatura de Inteligencia Departamento de Relaciones Navales Internacionales y Asesoría de Asuntos Internacionales (1976), Servicio de Inteligencia Naval (1985), Comando de Operaciones Navales (1975 y 1976), Comando de la Aviación Naval (1976), Comando de la Infantería de Marina (1976), Comando Naval (1976) y Dirección General de Personal Naval (1976).
Asimismo, copias las Resoluciones del Comandante en Jefe de la Armada de 1974 a 1980 y de 1982 a 1985
Por último, en carácter original, los Boletines Navales Públicos, Reservados y Confidenciales de 1970 a 1973 y de 1976 a 1983.

La colección está integrada, principalmente, por copias de documentación obrante en archivos de la Armada y contiene información sobre personal militar y civil de inteligencia que formó parte o estuvo vinculado a la Marina de Guerra: legajos de servicios, concepto y familia, fojas de servicios, nóminas y listados de integrantes, listas de pagos e información sobre conscriptos.

La colección reúne copias digitales de documentos sobre Liliana Corti, nacida el 9 de mayo de 1950 en la ciudad de Buenos Aires, y Horacio Miguel Pietragalla, nacido el 3 de agosto de 1948 en la misma ciudad, quienes fueron militantes de la organización política Montoneros. También hay documentos de Horacio Pietragalla Corti, segundo hijo de la pareja, nacido el 11 de marzo de 1975.
El 15 de octubre de 1975 Horacio Miguel Pietragalla fue detenido en la ciudad de Córdoba y asesinado el 8 de noviembre del mismo año, mientras que Liliana Corti fue asesinada el 4 de agosto de 1976 en un operativo realizado en la casa donde vivía en Villa Adelina. El niño hijo de la pareja, de cinco meses, fue llevado por personal policial a la Clínica Mayo y a la Brigada Femenina de San Martín, siendo luego entregado por el teniente coronel Hernán Tetzlaff a una mujer que trabajaba como empleada doméstica en su domicilio.
En el año 2002 Pietragalla Corti inicia el proceso de reconstrucción de su identidad a través de la Comisión Nacional por el Derecho a la Identidad (CONADI). El 4 de abril de 2003 el resultado de los estudios de ADN confirmó que se trataba de Horacio, hijo de Liliana Corti y Horacio Miguel Pietragalla, constituyendo el nieto número 75 que las Abuelas de Plaza de Mayo restituyeron a su familia biológica. Los restos de Liliana Corti y los de Horacio Miguel Pietragalla fueron exhumados e identificados por el Equipo Argentino de Antropología Forense (EAAF) en el año 2004 y 2003 respectivamente.
La colección está constituida por documentos personales de Liliana y Horacio Miguel, tales como la invitación al casamiento de la pareja, la libreta de familia, certificados de nacimiento y defunción, fotografías, tarjetas, postales, algunas cartas que Horacio Miguel enviaba de niño, certificado de vacunación, la cédula de identidad del Ejército, el certificado de juramento a la bandera y un programa de una obra teatral en la que actuó Pietragalla, entre otros.
Hay, además, documentación de la actividad laboral de Liliana como es la copia fiel de su legajo de la Empresa Nacional de Telecomunicaciones (ENTEL), reparado por medio del decreto 1199/12 que alcanzó a las y los empleados/as de la Administración Pública Nacional que se encontraran en condición de desaparición forzada o hayan sido asesinados/as como consecuencia de la acción del terrorismo de Estado entre 1955 y 1983. El legajo cuenta con documentos como planillas y solicitudes de licencias y antecedentes administrativos que registran licencias por detenciones y su renuncia el 01 de enero de 1976.
También se encuentran documentos vinculados al ámbito educativo de Horacio Miguel. Hay una copia de su legajo de la Universidad de Buenos Aires, donde cursó sus estudios de Sociología, y un certificado de las materias realizadas. Asimismo hay un duplicado de su título de Bachillerato nocturno realizado en el Instituto Privado Incorporado a la Enseñanza Oficial Cardoso y los correspondientes boletines de calificaciones, certificados de conducta y algunos apuntes sobre historia argentina.
Adicionalmente hay algunos artículos periodísticos sobre el retorno al país del ex Presidente Juan Domingo Perón luego del exilio en 1972.
Una gran parte de la colección se encuentra conformada por la reunión de documentos vinculados a la desaparición forzada de Horacio Miguel y Liliana en 1975 y 1976 respectivamente, así como documentación vinculada a la búsqueda y restitución de la identidad de su hijo Horacio Pietragalla Corti. En este sentido, se encuentran solicitudes de paradero de Horacio Miguel presentadas por el padre de Horacio, Gerardo Horacio Pietragalla, y por su madre, María Angélica Ventura de Pietragalla, así como las respuestas obtenidas por el Ministerio del Interior notificando el desconocimiento de la ubicación de Horacio Miguel y certificando que no se encontraba detenido. Asimismo, hay solicitudes del paradero de su nieto Horacio Pietragalla Corti. También hay notas al Ministerio del Interior enviadas por el padre de Liliana, José Antonio Corti, solicitando conocer el paradero de su nieto y la respuesta del Ministerio, mientras que, en otras notas, el padre de Liliana solicita el cuerpo de su hija. Se puede encontrar además, una copia certificada por el Archivo Provincial por la Memoria de Córdoba del expediente 186.340 de 1976 del Ministerio del Interior iniciado por Gerardo Horacio Pietragalla solicitando información sobre el paradero de su hijo y otros documentos obrantes en ese Archivo provincial. Finalmente, se añaden documentos de las causas que investigan la sustracción, desaparición, retención y ocultamiento del niño Horacio Pietragalla Corti como por ejemplo la solicitud de acumulación de las causas, citaciones judiciales a declarar, entre otros documentos que evidencian la intensa búsqueda de la verdad y la justicia por parte de la familia de Liliana y Horacio Miguel así como de organismos de Derechos Humanos como Abuelas de Plaza de Mayo.

Según la Ley Orgánica de la Provincia de San Juan Nº 3612, de 1970, la estructura de la policía provincial de la provincia de San Juan se componía de cinco departamentos, el D2 correspondía a Informaciones Policiales. Esta estructura se replicaba a nivel de las Fuerzas Armadas y de otras policías provinciales (D1 Personal, D2 Informaciones/Inteligencia, D3 Operaciones, D4 Logística, D5 Judicial en el caso de San Juan, también podía ser Asuntos Civiles o Territoriales en otras provincias). Los representantes del Ministerio Público Fiscal que investigaron su funcionamiento consideraron que el D-2 "realizaba el trabajo de inteligencia, y también intervenía en lo operativo"; el D-3 "prestaba el apoyo operativo a las acciones del D-2"; el D-4 "acompañaba con la logística", y el D- 5 "manejaba la información judicial existente de todas las víctimas, no así la política, que la obtenía, seleccionaba y utilizaba el D-2". A partir de la Directiva del Consejo de Defensa 1/75 del 15 de octubre de 1975, las policías provinciales quedaban bajo control operacional de las Fuerzas Armadas. En el territorio de San Juan, la policía provincial quedaba bajo las órdenes del Regimiento de Infantería de Montaña Nº 22 del Ejército.
El fondo se compone de los documentos producidos por el Departamento 2 de la Plana Mayor de la Policía Provincial, en el cumplimiento de sus funciones. Se encuentra en proceso de identificación las series documentales que lo integran. Por lo tanto, por el momento, se puede constatar solamente la existencia de fichas e informes de antecedentes y recortes periodísticos vinculados al seguimiento de personas y actividades de universidades, partidos políticos, gremios, sindicatos, entidades religiosas, entre otros.
El fondo reúne los siguientes biblioratos, que contienen lo que se detalla a continuación:

• "Antecedentes de Personas (V25)": notas vinculadas a solicitudes y remisiones de antecedentes de personas, e informes de antecedentes. Se incluyen formularios con datos personales, educativos, laborales, ideológicos, gremiales, religiosos y /o judiciales.
• "Gremios": comunicaciones, notas, recortes de prensa, volantes, artículos periodísticos, listados de comisiones directivas de distintos sindicatos, listados de organizaciones gremiales, invitaciones, designaciones, notas de peticiones de permiso para asambleas.
• "Movimientos universitarios": recortes periodísticos de temas universitarios, certificados de alumno regular, ordenanzas internas, organigramas, listados de autoridades de universidades y folletos.
• "Partidos políticos": recortes de prensa, listado de autoridades de los partidos, informes de inteligencia, informes de actividades, declaraciones de figuras políticas, listados de Comisiones Directivas de los partidos, volantes, boletines, listas de candidatos y volantes de votaciones.
• "Subversión": partes de inteligencia semanales, recortes de prensa, nóminas de pasajeros, volantes, revistas, listados de automóviles que ingresan a la provincia.
• "Entidades religiosas": Recortes de prensa, notificaciones, publicaciones y peticiones de autorizaciones.
• "Residentes extranjeros": Recortes de prensa, solicitudes de informes de antecedentes, informes de antecedentes, cartas de ciudadanía, censos.
• "Medios de comunicación": Listado de periodistas acreditados por el Mundial 78, artículos, recortes periodísticos sobre canales de TV, repetidoras, notas vinculadas a la prohibición de libros, y programación de medios.
• "Personal de Informaciones policiales": Informes de novedades, memorandos, listados con nombres de personas
• "Alta. Promoción. Baja personal policial": partes informativos semanales y Órdenes del día.
• "Organismos de Derechos Humanos": recortes de prensa, informes de inteligencia, listados de personas desaparecidas en San Juan, volantes y folletos.
  Además, hay legajos policiales de detenidos a disposición del PEN, recortes de prensa sobre la Asocicación Amigos Sanjuaninos, memos e informes varios de los años 2002 a 2003.
  Por último, forma parte del fondo, un fichero donde figuran, ordenadas alfabéticamente, antecedentes de personas.