A través del Decreto 158 del 15 de diciembre de 1983, el gobierno de Raúl Alfonsín ordenó la realización de un juicio sumario a los integrantes de las Juntas Militares que estuvieron en el poder desde el 24 de marzo de 1976 hasta la guerra de Malvinas. Tras derogar la “Ley de autoamnistía” sancionada hacia el final de la dictadura, el 28 de diciembre de 1983 el gobierno comunicó al Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas que debía iniciar la instrucción y el juicio sumario de la que más tarde sería conocida como “Causa 13”.
Apoyándose en la ley 23.049/84 de reforma de del Código de Justicia Militar, y ante las demoras del Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas para juzgar a sus pares, el 4 de octubre de 1984 la Cámara Federal desplazó al tribunal castrense y por avocación continuó con la investigación.
No obstante a cargo de la justicia penal, el proceso judicial se realizó bajo los procedimientos del Código de Justicia Militar, que imponía el juicio sumario, oral y público. Por decisión de la Cámara Nacional de Apelaciones, el canal estatal de televisión, Argentina Televisora Color (ATC), registró íntegramente el desarrollo del juicio.
Entre el 22 de abril y el 14 de agosto de 1985 tuvieron lugar las audiencias orales del juicio en las que prestaron declaración testimonial 833 personas citadas por las defensas y por el Ministerio Público. Entre agosto y septiembre se dio lectura a la acusación presentada por la Fiscalía y entre los meses de octubre y noviembre tuvieron lugar los alegatos de las defensas de los ex comandantes. El 9 de diciembre de 1985, la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal dictó sentencia fundada en el análisis de 709 casos presentados. Jorge Rafael Videla y Emilio Eduardo Massera fueron condenados a reclusión perpetua; Roberto Eduardo Viola a 17 años de prisión; Armando Lambruschini a ocho años y Orlando Ramón Agosti a cuatro años y seis meses. Omar Domingo Rubens Graffigna, Basilio Arturo Lami Dozo, Leopoldo Fortunato Galtieri y Jorge Isaac Anaya fueron absueltos.
El fondo comprende la totalidad de las audiencias orales (530 horas) producidas en el marco del proceso judicial conocido como Juicio a las Juntas Militares, en el que se juzgó a los nueve miembros de las tres primeras Juntas Militares como responsables por las graves violaciones a los derechos humanos ocurridas en Argentina durante la dictadura cívico-militar durante los años 1976 y 1983. Como material complementario fueron digitalizadas las actas mecanografiadas del juicio.
Asimismo, contiene copia digital de los 185 cuerpos de la Causa13/84 caratulada 'causa originariamente instruida por el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas en cumplimiento del decreto 158/83 del Poder Ejecutivo Nacional'. Así como copia de las actas mecanografiadas de las manifestaciones vertidas por el Tribunal, las partes y testigos en el transcurso de la audiencia.
El fondo también reúne la documentación aportada como prueba por cada una de las partes. Se destacan los "cuadernos de la defensa" de Ramón Orlando Agosti, Leopoldo Fortunato Galtieri, Armando Lambruschini, Emilio Eduardo Massera, Jorge Rafael Videla y Roberto Eduardo Viola; así como las Directivas, Planes y Reglamentos de las tres Fuerzas Armadas. También hay copia de los expedientes del Consejo de Guerra Especial Estable. A su vez, pueden encontrarse la documentación traducida del idioma inglés aportada como cuaderno de prueba de la Fiscalía, documentación y reclamos gestionados a través de la Cancillería argentina vinculados a denuncias realizadas en el exterior y copia de la documentación aportada por los testigos.
Por su parte, pueden encontrarse copias de las denuncias vinculadas a desapariciones forzadas de personas recibidas por el Ministerio de Defensa durante el periodo de la dictadura, distintas denuncias de privación ilegítima de la libertad recibidas ante la justicia de las provincias de Entre Ríos, Mendoza y Santa Fe y copia de todos los habeas corpus presentados durante el juicio.

Versión reducida del informe que recopila y sistematiza los testimonios de los sobrevivientes del "campo de concentración de prisioneros" de la Escuela de Mecánica de la Armada (ESMA), publicado en francés en París y en Madrid. Basado en los relatos de María Alicia Milia de Pirles, Sara Solarz de Osatinsky y Ana María Martí. Contiene planos del Centro Clandestino de Detención y detalles del funcionamiento y miembros del Grupo de Tareas 3.3/2. En particular, se centra en el detalle respecto a la metodología de secuestros y torturas, los "traslados", la "capucha", los partos en cautiverio, el caso de las monjas francesas y de algunas personas desaparecidas en particular. Asimismo, reconstruye operaciones de la Armada Argentina en el exterior e incluye un listado parcial de personas que estuvieron privadas de su libertad en la ESMA..

Artículos periodístico titulados "Bonafini les pegó duro a los jueces, Ruckauf y De la Rúa" y "Querellan a Brinzoni", publicado en la sección Derechos Humanos del Diario Clarín el 29 de mayo de 2001.

La colección reúne artículos de publicaciones periódicas y copias de artículos de prensa que la Subsecretaría de Derechos Humanos de la Nación recopiló en el ejercicio de sus funciones. La selección realizada refiere a artículos periodísticos sobre represores, publicaciones vinculadas a la agroindustria, la defensa de derechos humanos y la búsqueda de verdad y justicia llevada a cabo por Madres de Plaza de Mayo, actualidad, el movimiento sandinista en Nicaragua, la vinculación de las iglesias con los derechos humanos, entre otros.

La colección reúne copias fotográficas digitales tomadas por Enrique García Medina durante los juicios por crímenes de lesa humanidad cometidos durante la última dictadura cívico-militar en la Argentina.
Entre los registros se encuentran diversas tomas de represores como Leopoldo Fortunato Galtieri; Carlos Españadero; Miguel Osvaldo Etchecolatz; Armando Lambruschini; Luis Medía, Jorge Issac Anaya; Omar Rubens Graffigna; Jorge Rafael Videla; Emilio Eduardo Massera; Emilio Nani; Carlos Guillermo Suárez Mason; Luis Patti y Jorge Eduardo Acosta, entre otros. Asimismo, la colección cuenta con fotos de personajes vinculados con la última dictadura cívico militar como Joseé Alfredo Martínez de Hoz y Mohamed Alí Seineldín. Por otro lado, cuenta con imágenes de varias mafiniestaciones de derecha en Plaza San Martin (CABA), así como también registros de actos neonazis en Argentina. Por último, se encuentran imágenes del juez Baltasar Garzón Real, de Fernando Vaca Narvaja y Mario Eduardo Firmenich en los tribunales de Comodoro Py, y de Enrique Haroldo Gorriarán Merlo saliendo de la cárcel de Villa Devoto.

La colección Esteban Santamaría reúne copias digitales de fotografías que registran el encuentro fundacional de la Agrupación HIJOS en Cavalango provincia de Córdoba, y distintos escraches a Jorge Luis Magnacco y Antonio Domingo Bussi en la década de 1990, y a Jorge Rafael Videla en 2006, así como las movilizaciones en las que participó la agrupación entre los años 1995 y 2006. El contenido abarca el surgimiento de la militancia contra la impunidad reinante en la década de 1990 hasta la adopción de las políticas de Memoria Verdad y Justicia por el Estado Nacional.

Cuerpo 2 de la Causa "Masacre de Napalpí s/juicio por la Verdad" el cual contiene los siguientes documentos:

1. Declaración testimonial de Pedro Solans.
2. Nota con medidas de la Unidad Fiscal entre las que se mencionan:
   • Oficio al Archivo Histórico de la Provincia del Chaco solicitando Expediente Administrativo Número 403 e Informe del Gobernador del Territorio Fernando Centeno dirigida al Ministro de Interior Vicente Gallo (Libro Número 63).
   • Oficio al Ministerio del Interior de la Nación pidiendo copias de Memoria del Ministerio de 1923-1924; Informes de la Comisión Honoraria de Reducciones de Indios de 1911 a 1930; Expediente Administrativo Número 403 Letra R de 5 de agosto de 1924 de la Jefatura de Policía de Territorio del Chaco; Informe de Reducción de Indios de Napalpí de Enrique Lynch Arribálzaga de 1914 y otros similares remitidos por los encargados de la reducción hasta 1925; legajos del Gobernador Fernando Centeno y del Secretario Pedro Outes y de los agentes de policía: Diego Ulibarrie, Roberto Sáenz Loza, Pedro Antonio Kaminsky, Sargento Carlos Toro, Julio Gómez de la Fuente, Vicente Attis y Remigio Muñoz.
   • Solicitud al Congreso de la Nación copias de Diario de Sesiones de la Cámara de Diputados de julio a septiembre de 1924 y nota al presidente de la - Cámara del inspector de Territorios Nacionales Juan Elordi
   • Oficio a La Voz del Chaco para pedir notas del 31 de diciembre de 1923 y varias más.
   • Oficio al diario La Razón para solicitar ejemplares del 26 de agosto de 1924.
   • Oficio al Museo de Medios de la provincia de Chaco para pedir copias de ejemplares de La Voz del Chaco y El Colono de Resistencia de junio a agosto de 1924
   • Oficio al Archivo Histórico de Corrientes para pedirle copias del diario El Heraldo del Norte, edición especial del 27 de junio de 1925, número 625
   • Oficio al Museo del Hombre Chaqueño para requerir préstamo de expediente administrativo Número 403 Letra R, de 5 de agosto de 1924.
   • Oficio al Gobernador del Chaco para solicitar legajos del ex gobernador Fernando Centeno y ex secretario Pedro Outes
   • Oficio al Ministerio de Defensa de la Nación para solicitar legajos de agentes de policía: Diego Ulibarrie, Roberto Sáenz Loza, Pedro Antonio Kaminsky, Sargento Carlos Toro, Julio Gómez de la Fuente, Vicente Attis y Remigio Muñoz. Y legajo de Emilio Esquivel, sargento del Ejército de Aviación que ejerció funciones en Aero Club Chaco de Resistencia en 1924.
     Oficio al Superior Tribunal de Chaco para solicitar legajos de funcionarios: Juan Sessariego, Benito Palamedi, Jerónimo Cello. Y Solicitan en préstamo el Expediente Número 910/24
   • Oficio al Aero Club Chaco para requerir informe de comisión directiva, aeronaves y personal en 1924. Informe sobre la trayectoria allí de Emilio Esquivel y Juan Browis. Y sobre la aeronave Biplano biplaza Curtis JN90HO Resistencia II.
   • Oficio al Museo de Ciencias Naturales de La Plata, requiriendo informe sobre documentación, objetos y material óseo de etnias vinculadas a Napalpí. Y copia de un informe del antropólogo Roberto Lehman Nietsche.
3. Testimonio de Sabino Yrigoyen, hijo de Melitona Enrique.
4. Testimonio de Mario Yrigoyen, hijo de Melitona Enrique.
   5.Testimonio de Carmen Rosa Delgado, hija de Rosa Chará.
5. Oficio Número 1024/14 al diario La Voz del Chaco
6. Oficio Número 1026 a Museo de Medios de Chaco
7. Respuesta del Museo de Medios Chaco
8. Respuesta del Archivo Histórico de la Provincia de Corrientes
9. Nota de la Unidad Fiscal.
10. Orden de oficio al Archivo Histórico de la Provincia del Chaco
11. Respuesta de Clarín / La Razón
12. Oficio Número 1025 al Diario La Razón
13. Respuesta del Aero Club Chaco a Oficio Número 1032.
14. Partida de nacimiento de Carme Rosa Delgado
15. Partida de nacimiento de Mario Yrigoyen
16. Partida de nacimiento de Sabino Yrigoyen
17. Respuesta del Archivo Histórico “Monseñor José Alumni”. Copia de 19 archivos digitalizados, entr ellos:
    • Copia de Nota de la Reducción Napalpí al Jefe de Policía del Territorio Nacional del Chaco, de fecha 26 de julio de 1924
    • Copia de Nota sobre “Detalle de Mercaderías” provistas al personal de Tropa y Policía Montada en la Reducción Napalpí desde el 16 de mayo al 12 de Julio
    • Copia de Nota de la Reducción Napalpí al Jefe de Policía de fecha 26 de julio de 1924
    • Copia de Nota del Comisario de Quitilipi de fecha 20 de agosto de 1924
    • Copia del Listado de tropa a cargo del Sargento Alejandro Verón
    • Copia del Listado del Personal de Gendarmería y Armamento
    • Copia del Informe del Comisario de Quitilipi
    • Copia del Informe del Interventor del Territorio Nacional del Chaco
18. Respuesta de Ministerio de Defensa de la Nación
19. Oficio Número 1030 al Ministerio de Defensa de la Nación
20. Respuesta del Ejército Argentino. Dirección de Asuntos Humanitarios y Políticas de Género
21. Memorándum de la Dirección Nacional de Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario
22. Nota al Ministerio de Defensa
23. Respuesta del Ministerio de Defensa
24. Respuesta del Ejército Argentino. Dirección de Asuntos Humanitarios y Políticas de Género
25. Respuesta del Ejército Argentino. Dirección de Personal Militar
26. Respuesta del Ejército Argentino. Archivo General del Ejército.
27. Respuesta del Ministerio de Defensa
28. Respuesta del Ministerio de Interior y Transporte (Detalle de documentación hallada y remitida; Explicación y listado de expedientes y memorias; Punteo de hallazgo realizado por Mariana Nazar; Copias adjuntas en 1 CD con Memorias del Ministerio de Interior 1923-1924); Copias adjuntas en 1 CD con copias de expedientes y legajos y listado síntesis de la información de las Memorias del Ministerio del Interior entre 1914 y 1940 sobre reducciones indígenas y listado de expedientes de 1914 del Ministerio de Interior sobre reducciones indígenas).
29. Material del segundo CD mencionado (Copia del Expediente Número 2.520/1924 del Ministerio del Interior; Copia del Expediente Número 3.776/1924 del Ministerio del Interior; Copia del Expediente Número 13.718/1914 del Ministerio del Interior; Copia del Legajo y Foja de Servicios del Oficial Roberto Sáenz Loza; Copia del Legajo y Foja de Servicios del Oficial Vicente Attis; Copia del Legajo y Foja de Servicios del Oficial Diego Tomas Ulibarrie; Memorias del Ministerio del Interior 1923-1924 que incluye informe del Departamento Nacional del Trabajo).
30. Nota de la Unidad Fiscal. Agregan contestaciones de oficio remitidos al Ministerio de Defensa de la Nación y listado de expedientes del Ministerio de Interior de la Nación de 2014
31. Respuesta de la Biblioteca del Congreso de la Nación
32. Oficio a la Biblioteca del Congreso de la Nación
33. Documentación del Congreso de la Nación (Copia del Libro de “Sesiones de la Cámara de diputados de la Nación” correspondientes a los años 1921 a 1925: 25 de julio de 1924, 3-4; 30 de julio de 1924, 50-58; 20 de agosto de 1924, 398-399; 27 de agosto de 1924, 1-2, 727-739; 3 de septiembre de 1924, 146-147, 188-190; 4 de septiembre de 1924, 191-192, 224-225, 294-332; 11 de septiembre de 1924, 337-338, 375-377, 420-464; 30 de septiembre de 1924, 916-918, 954-956, 966-972; 11 de septiembre de 1924, 362-364).
34. Artículo académico de Marcelo Musante, “Las reducciones estatales indígenas. ¿Espacios concentracionarios o avance del proyecto civilizatorio?
35. Artículo académico de Marcelo Musante: “El discurso como herramienta de un proceso social genocida”
36. Nota de la Unidad Fiscal: Agregado de copia de notas libradas al Ministerio de Interior y un CD con contenido solicitado en Oficio Número 1022 (el CD mencionado se detalla en el Cuerpo 3); Agregado de contestaciones a oficios remitidos al Ministerio del Interior y Transporte)

Cuerpo 3 de la Causa "Masacre de Napalpí s/juicio por la Verdad" el cual contiene los siguientes documentos:

1. Constancia de la Remisión del Superior Tribunal de Justicia del Chaco del Expediente Número 910 del año 1924 caratulado “Sublevación Indígena en la Reducción Napalpí” y agregado por cuerda “Legajo de Antecedentes correspondiente al Informe del Comisario José B. Machado”. Se agregan por cuerda. Se incorpora como ofrecimiento de prueba para el juicio.
2. Respuesta del Gobierno del Chaco a Oficio Número 1029.
3. Respuesta del Ministerio del Interior y Transporte de la Nación al Oficio Número 1022. Nota Número 320 del Archivo General de la Nación dependiente del Ministerio del Interior (Se adjunta 1 CD con 12 Decretos de los años 1921, 1913, 1914, 1916, 1918, 1920, 1923 y 1932 y 91 expedientes de los años 1911 a 1933 del Fondo del Ministerio del Interior).
4. Nota sobre incorporación de artículos de Marcelo Musante.
5. Afiche de film "Octubre Pilagá. Relatos sobre el silencio" de Valeria Mapelman. DVD Se incorpora a la causa.
6. Incorporación del artículo académico “Del silencio al ruido en la Historia. Prácticas genocidas y Pueblo Originarios en Argentina” de Walter Delrío, Diana Lenton, Marcelo Musante, Mariano Nagy, Alexis Papazian y Pilar Pérez. Nota de incorporación.
7. Incorporación del artículo “Robert Lehmann Nitsche. Pruebas contundentes sobre su presencia en Napalpí en tiempos de la masacre” de Lena Dávila. Nota de incorporación.
8. Testimonio de Lena Dávila da Rosa.
9. Libro “La Matanza de Napalpí” coordinado por María Leonor Acuña y Julia Zullo. Artículos: “Napalpí. De la masacre a la memoria de la masacre” de Leonor Acuña y Julia Zullo; “Napalpí. La voz de la sangre” de Juan Chico y Mario Fernández. Nota de incorporación.
10. Incorporación del libro "Octubre Pilagá. Memorias y archivos de la masacre de La Bomba" de Valeria Mapelman.
11. Testimonio de Mariana Giordano.
12. Incorporación del libro "Discurso e imagen sobre el indígena chaqueño" de Ediciones Al Margen.

Expediente Número 910 del año 1924 caratulado “Sublevación Indígena en la Reducción Napalpi” y agregado por cuerda “Legajo de Antecedentes correspondiente al Informe del Comisario José B. Machado” Remitidos por el Superior Tribunal de Justicia del Chaco del. (agregado por cuerda al presente ambas copias conforme fs. 401 y vta).

Anotaciones sobre nuevas incoporaciones de ofrecimiento de prueba para Juicio por la Verdad por la Masacre de Napalpí, en la que se cometieron delitos lesa humanidad, producidas por la Unidad Fiscal de Derechos Humanos de Resistencia del Minsiterio Público Fiscal.

Copia digital del libro "Guaycuru: Tierra Rebelde. Tres Sublevaciones Indígenas" de Jorge Luis Ubertalli, Ediciones Antarca, 1987.

Copia digital de capítulo 4 de la tesis doctoral de Diana Isabel Lenton "De centauros a protegidos. La construcción del sujeto de la política indigenista argentina desde los debates parlamentarios (1880 – 1970)", Universidad de Buenos Aires, Facultad de Filosofía y Letras, Directora: Dra. Claudia Noemí Briones, defendida el 12 de diciembre de 2005.

Copia digital de capítulo 5 de la tesis doctoral de Diana Isabel Lenton "De centauros a protegidos. La construcción del sujeto de la política indigenista argentina desde los debates parlamentarios (1880 – 1970)", Universidad de Buenos Aires, Facultad de Filosofía y Letras, Directora: Dra. Claudia Noemí Briones, defendida el 12 de diciembre de 2005.

Copia digital de artículo “Napalpí, memoria y presente de un genocidio que no cesa” de Neri Francisco Enrique “Tete” Romero, (reúne los capítulos 5, 6 y 7 del ensayo histórico aun inédito Tesis para otras historias del Chaco, que se encuentra en la etapa de revisión y corrección para su próxima publicación)

Copia digital de artículo “De autores, testigos y acusados. Trayectos de construcción de la imagen como prueba en las fotografías de la Masacre indígena de Napalpí” de Mariana Giordano, Papeles del CEIC, 2021/2.

Audiencia N° 1 del juicio de la Causa "Masacre de Napalpí s/juicio por la Verdad" realizada el 19 de abril de 2022 en la Casa de las Culturas de Resistencia.
A continuación se detallan los distintos momentos:
29:00 Inicio de Audiencia, Palabras de la jueza Zunilda Niremperger
39:00 Presentación de la Unidad Fiscal de Derechos Humanos de la Fiscalía Federal de Resistencia a cargo de Federico Carniel y Diego Vigay
53:00 Presentación de la Secretaría de Derechos Humanos y Género del Chaco, Duilio Ramírez
1:13:00 Presentación del Instituto del Aborigen Chaqueño (IDACH), Emiliano Núñez
1:21:00 Testimonio oral grabado, víctima Pedro Balquinta
2:03:00 Testimonio oral grabado, Rosa Grilo.
2:24:00 Testimonio oral grabado, Juan Chico.
3:07:00 Cierre de Audiencia 01