El Plan CONINTES fue puesto en vigencia secretamente por Arturo Frondizi el 14 de noviembre de 1958, mediante el Decreto “S” Nº 9880/58 y luego de forma pública en 1960, mediante la sanción de los decretos Nº 2628/1960 y Nº2639/1960. Técnicamente el plan finalizó el 1 de agosto de 1961, con la sanción del decreto 6495/1961. En reemplazo del Plan CONINTES, fue sancionada la Ley 15.293 de Represión de las Actividades Terroristas y aprobada el 21 de julio de 1960, que establecía penas más severas que las existentes hasta entonces, tras la modificación del Código Penal.
Su objetivo fue poner fin a una serie de protestas laborales haciendo uso de la represión estatal. Es considerado un antecedente del Terrorismo de Estado debido a que durante ese periodo se ampliaron las prerrogativas dadas a las Fuerzas Armadas, autorizando la detención y enjuiciamiento de civiles bajo código militar, la instalación de un estado de guerra donde toda forma de resistencia (luchas políticas o sindicales) eran caracterizadas como accionar de fuerzas enemigas y la subordinación de las Fuerzas de Seguridad y policías provinciales a las Fuerzas Armadas, entre otras medidas.
Esta colección reúne recortes de prensa, publicaciones, listados de detenidos, testimonios, fotografías, noticieros, diarios, revistas, artículos de publicaciones periódicas, actuaciones de justicia militar, informes, legislación, libros históricos, causas judiciales, informes de inteligencia, órdenes de operaciones, reglamentos, manuales militares, debates parlamentarios, entre otros documentos producidos entre 1958 y 1962 principalmente.
En particular, copia de documentos relevados del Fondo Centro de Estudios Nacionales; debates parlamentarios, diarios de sesiones ordinarias y versiones taquigráficas de sesiones de la Cámara de Diputados; copia de legajos de la Mesa Doctrina del Fondo DIPPBA; decretos del Poder Ejecutivo Nacional; libros históricos de destacamentos de Gendarmería Nacional; acuerdos bilaterales entre el Gobierno francés y el gobierno argentino; cursos y conferencias brindados en las diferentes Escuelas de Guerra de cada Fuerza Armada, así como artículos publicados en sus revistas; cursos superiores de la Escuela de Comando y Estado Mayor de la Fuerza Aérea Argentina; la declaración de Antonio Vañek, Almirante Retirado, ex Comandante de Operaciones Navales de 1976, en Expte. Nº 10.326/96, caratulado “Nicolaides, Cristino y otros s/ sustracción de menores”, radicado en el Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal Nº 7, Secretaría Nº 13, Cuerpo 19; sentencias del Consejo de Guerra; Actuaciones de Justicia Militar del Ejército Argentino; directivas, órdenes, reglamentos y manuales militares.
A su vez, copia de documentos entregados informalmente por el investigador Gabriel Périès:

• Documento N° 404, Embajada de Francia en la Argentina, 29 de marzo de 1956.
• Carta N° 614, Embajada de Francia en la Argentina, Asuntos Políticos, 11 de septiembre de 1958.
• Nota N° 961, Embajada de Francia en la Argentina. Buenos Aires, 6 de octubre de 1961.
• TTA 117 Instruction Provisoire sur L'emploi de L'arme Psychologique (1957)
• TTA 165 Instruction Provisoire pour L'emploi des Forces Armees (1959)
• Dossier “Documentation”, Plan de défense interne du Territoire (DIT), Exemplaire N° 099/250, Année 1960, École Supérieur de Guerre.
  Entrevistas realizadas en 2011 a Julio Betbeder, Manuel Gallardo, Raimundo Heredia, Víctor Reviglio, Jorge Rulli, Erasmo Sarmiento.
  Copias de diarios, periódicos y revistas: Boletín Informativo, Agencia de Informaciones Católicas (AICA), Diario Clarín, Diario Crítica, Diario Democracia, Diario La Nación, Diario La Razón, Diario Mayoría, Diario Noticias Gráficas, Revista Desarrollo Económico, Revista Panorama, Revista Que, Revista Verbo, Semanario Nuestra Palabra.
  Por último, se obtuvo también copia de la película de Pontecorvo, Gillo, La batalla de Argel. (Argelia-Italia, 1965) y el documental de Robin, Marie Monique (Francia, 2013) Escuadrones de la muerte, la escuela francesa. Respecto a esto último, se incorporaron 70 minutos de documentos inéditos que incluyen los reportajes completos inéditos realizados para el documental.

El Archivo Nacional de la Memoria en cumplimiento de su misión y funciones produce y recibe documentos que dan testimonio de su vida institucional. Es por ello que en su fondo se puede encontrar una amplia cantidad de documentos generados por sus dependencias, siendo la documentación más voluminosa la administrativa y de recursos humanos (correspondencia, memos, convenios, presupuestos, trámites internos, informes, normativas, contratos, registro y control de bienes patrimoniales, expedientes de compras, recibos de pagos, registro de asistencia, entre tantos otros).
Asimismo, este fondo permite acercarse a las acciones de cooperación internacional con la región del Mercosur como de países europeos, desacatándose los convenios con el gobierno del Reino de España, UNICEF, PNUD y la participación en el Programa de Apoyo al Desarrollo de los Archivos Iberoamericanos (ADAI) que aportaron al fortalecimiento institucional del Archivo, desde el 2005 al 2014. Además, en el marco de la construcción del Espacio y Centro Cultural para la Memoria Trelew en el viejo aeropuerto de la ciudad, podemos encontrar las notas remitidas por este tema tanto desde la Secretaría Ejecutiva del ANM como por el Secretario de Derechos Humanos de la Nación así como planos y fotos del aeropuerto, proyectos e informes vinculados con su construcción, folletería de difusión de la Secretaría de Derechos Humanos sobre el tema, síntesis de reuniones, propuestas y Actas de las reuniones de la Comisión Bipartita y Comisión Ad-hoc, entre otros.
A partir de las actividades de obtener, investigar y preservar informaciones, testimonios y documentos sobre el quebrantamiento de los derechos humanos y las libertades fundamentales en que este comprendida la responsabilidad del Estado Argentino y sobre la respuesta social e institucional ante esas violaciones, el Archivo produjo diversa documentación tal como:
Registros de testimonios de víctimas de desaparición forzada y del accionar represivo en el Cono Sur, conformados hasta julio 2013; registros censales de personas de nacionalidad argentina o extranjeros, que revistieron el carácter de presos políticos en la República Argentina en el período comprendido entre el 16 de septiembre de 1955 y el 10 de diciembre de 1989, generados desde el 2009 hasta el 2014; oficios judiciales e informes que hasta el día de hoy se producen, para dar respuesta a las solicitudes de antecedentes de personas por violaciones a los derechos humanos en el marco de las Ordenanzas 1/94 y 1/04 de la Prefectura Naval Argentina y el Decreto 157/2006 que regula la actividad de las empresas de seguridad privada en el ámbito de la Policía de Seguridad Aeroportuaria; documentación generada a partir de las investigaciones llevadas a cabo por el Archivo: sobre las violaciones a los derechos humanos que sufrieron personas de origen español en la Argentina, Sitios de Memoria y ex Centros Clandestinos de Tortura y Exterminio, Ley de Residencia, Masacre de Trelew, Golpe de estado de 1955, Bombardeo de la Plaza de Mayo el 16 de Junio de 1955, Plan CONINTES (Conmoción Interna del Estado) el Cordobazo, Plan Cóndor, Doctrina de Seguridad Nacional, entre otras.
Prevalece una gran cantidad de registros fotográficos de actividades institucionales y de promoción de los derechos humanos, entre la cuales se encuentran las fotografías tomadas durante las actividades de la Comisión Especial de la Unión de Naciones Suramericanas (UNASUR) responsable de investigar la masacre ocurrida el 11 de septiembre de 2008 en la localidad boliviana de Pando. Se suman a estos registros fotografías de los edificios que funcionaron como Centros Clandestinos de Detención y del trabajo desarrollado por los trabajadores del ANM en la recuperación, tratamiento archivístico y conservación documental.
También hay registros audiovisuales de actividades institucionales en relación a los derechos humanos, actos y recorridos en el ex CCD ESMA y colocación de los carteles en los edificios de las distintas dependencias del Estado y de los organismos de derechos humanos; actividades de la recuperación y puesta en valor de los edificios que integran el predio del ex CCD ESMA; señalizaciones impulsadas por la Red Federal de Sitios de Memoria en lugares donde funcionaron centros clandestinos de detención, tortura y exterminio; actividades, actos y movilizaciones en el marco de los juicios de lesa humanidad que se siguen a los represores de la última dictadura militar y videos institucionales sobre la defensa y promoción de los derechos humanos y que se proponen visibilizar el operar del terror de Estado así como sus prácticas, mecanismos y efectos y las experiencias y legados de las organizaciones políticas y sociales y las militancias. Además, una gran cantidad de entrevistas a personas representativas de la vida política, social y cultural de la Argentina conforman el Archivo Oral.
También puede encontrarse dentro de este fondo tanto las comunicaciones, acuerdos, listados y documentos de trabajo vinculados con la "Mesa de Archivos", coordinada por el Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto de la Nación. Esta Comisión Técnica Mixta, compuesta por distintas instituciones de archivos públicos, representantes del Ministerio Público Fiscal y organismos de derechos humanos, se creó en el marco de los acuerdos bilaterales específicos realizados entre Argentina con Brasil, Uruguay y Chile en el ámbito de la Reunión de Altas Autoridades en materia de Derechos Humanos y Cancillerías del MERCOSUR (RAADDHH). El objetivo de estos acuerdos bilaterales (también conocidos como Memorandos de Entendimiento - MOU) es el intercambio de documentación para el esclarecimiento de graves violaciones a los derechos humanos entre los diferentes países. La Secretaría de Derechos Humanos de la Nación ha sido parte activa desde el principio en estos acuerdos, derivando la participación en las reuniones en el Archivo Nacional de la Memoria. Es atribución del ANM también la reunión y preservación de las copias de toda la información circulante en el marco de estos Memorandos: tanto aquella entregada por las instituciones nacionales (Cancillería, Ministerio de Defensa, Ministerio de Seguridad, Ministerio Público Fiscal, Comisión Provincial por la Memoria de la Provincia de Buenos Aires, entre otras) como aquella provista a la Argentina por instancias de carácter internacional, siguiendo los criterios de confidencialidad que emanan de los acuerdos.
En cumplimiento de sus actividades fundamentales, vinculadas a "obtener, analizar, clasificar, duplicar, digitalizar y archivar informaciones, testimonios y documentos sobre el quebrantamiento de los derechos humanos y las libertades fundamentales en que esté comprometida la responsabilidad del Estado Argentino y sobre la respuesta social e institucional ante esas violaciones", el ANM crea colecciones en relación a sus intereses con documentos provenientes de diversos fondos de otras instituciones. Cada uno de estos agrupamientos, aunque vinculados estrechamente a las misiones del ANM, se describe de manera independiente.